【用户谈】纳米孔测序在临床血液学中的应用

【字体: 时间:2019年05月31日 来源:生物通

编辑推荐:

  Oxford Nanopore公司日前在伦敦举办了盛大的London Calling 2019用户会议。来自世界各地的600名与会者聚集在Old Billingsgate,讨论纳米孔测序的方方面面。

Oxford Nanopore公司日前在伦敦举办了盛大的London Calling 2019用户会议。来自世界各地的600名与会者聚集在Old Billingsgate,讨论纳米孔测序的方方面面。据悉,87名科学家将会发表演讲,介绍纳米孔测序的各种应用。

第一天,来自牛津大学的Anna Schuh博士介绍了纳米孔测序在临床血液学中的应用。

血癌是世界上第五大最常见的癌症,常发生在年轻人中。如果未能及时治疗,这种病往往会致命。对于越来越多的血液病患者来说,精准医学正逐渐成为现实,这意味着我们能够治愈疾病或长期控制疾病。

血癌的风险分层需要对多种基因组异常进行分析,包括:单核苷酸位点变异(SNV)、染色体获得和损失、易位等。2018年英国公共卫生署(NHS)癌症检测目录包含的605项个体测试中, 177项用于血液癌症。癌症的分子分类与诊断和预后也愈发相关。

对于以BCR-ABL基因融合为特征的慢性粒细胞白血病,精准医疗有助于提高长期存活率。对于急性髓性白血病,过去50年里患者存活率也在不断提高,这要归因于更好的患者分层治疗,以及诱导治疗期间的支持治疗。

不过,Anna博士指出,对于慢性淋巴细胞白血病(CLL),显微镜检查无法满足精准医疗的需求,因为它们无法鉴定所有的遗传异常,缺乏灵敏度、速度和精确度。使用短读长进行的肿瘤全基因组测序(WGS)虽然有望揭示基因组中所有类型的不同突变,但它受到小片段的限制,并且需要大型且昂贵的设备。

Anna在此应用了Oxford Nanopore的纳米孔测序技术。这种全基因组测序(WGS)的进步能够在同一次运行中检测SNV和大片段的结构异常。使用便携式的MinION测序平台,扩增子文库和WGS文库可以组合在同一块测序芯片上测序,可以同时检测IgHV状态、TP53突变、17p删除及其他结构变异。

“我们都太喜欢它了”,Anna说,“因为纳米孔测序有快速的周转时间,我们不需要依赖中心化的测序服务”。Anna还建议说,这种方法和它的衍生方法可以全面应用于血液学,并且可以用于中低收入水平的国家。

Anna接下来介绍了镰状细胞病,它是一种全世界最常见的单基因疾病。这种疾病可以通过蛋白质技术进行鉴定,但6个月以上的儿童大约有10%的失败率,需要进行二次确认。

Anna提出的解决方案是利用MinION平台检测HBA1、HBA2和HBB血红蛋白基因中的突变和/或缺失。结合简单的文库制备和云分析流程,这将是一种快速的方案。利用CRISPR/Cas9检测HBA1、HBA2和HBB基因座中的靶向突变,并在MinION和Flongle芯片上进行测序。通过靶向测序,目标区域的测序深度得到了极大地提高。

Anna认为,血浆游离DNA的测序在临床研究中也具有很大的潜力,可用来精确定量胎儿等位基因组分,从而减少对侵入性产前检测的需求。这已经被用于21三体综合症的临床诊断,今后的首要目标是利用游离DNA进行癌症诊断。

她举了一个例子:EB病毒引起的淋巴瘤病例。这些淋巴瘤是由早期感染EBV和暴露于疟疾引起的。Anna建议将纳米孔测序技术应用于液体活检,以此检测外周血中淋巴瘤特异性突变。她认为纳米孔测序平台有望对中低收入国家产生重大影响。

我来说两句
0  条评论    0 人次参与
登录 注册发布
最新评论刷新
查看更多评论 > >

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

生物通首页 | 今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 仪器龙虎榜

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号