NEB推出甲基化分析新工具,跳过亚硫酸氢盐转化[新品推荐]

【字体: 时间:2019年05月09日 来源:生物通

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  NEB推出了一种新方法NEBNext® Enzymatic Methyl-seq(简称EM-seq)来取代亚硫酸氢盐测序,从而准确灵敏地评估DNA甲基化。

对于甲基化组分析而言,亚硫酸氢盐测序无疑是金标准。不过,亚硫酸氢盐转化过程会损伤和降解DNA,造成DNA片段化和丢失。此外,亚硫酸氢盐文库还表现出明显的GC偏向性,并过度集中在甲基化的区域。

为了克服这些问题,NEB推出了一种新方法NEBNext® Enzymatic Methyl-seq(简称EM-seq)来取代亚硫酸氢盐测序,从而准确灵敏地评估DNA甲基化。

NEBNext EM-seq利用酶促转化来取代亚硫酸氢盐转化,能够最大限度减少DNA损伤。与附带的NEBNext Ultra™ II DNA文库制备试剂结合使用,EM-seq能够产生高质量的NGS文库,实现5mC和5hmC的可靠检测。此外,EM-seq的转化结果与亚硫酸氢盐测序一致,故可采用原先的数据分析工具。

EM-seq的转化过程分为两步,如上图所示。第一步使用了TET2和氧化增强剂来保护经过修饰的胞嘧啶,使其免受下游的脱氨基作用。TET2通过级联反应将5mC和5hmC氧化成5caC。此外,氧化增强剂通过糖基化将5hmC转化成5ghmC,又多了一层保护。

第二步是利用脱氨酶APOBEC对胞嘧啶进行脱氨基处理,但并不影响5caC和5ghmC。通过这两步操作,现在您拥有的序列与亚硫酸氢盐处理后的完全相同。通过PCR扩增,文库可用于Illumina平台的测序。

威尔•康奈尔医学院的副教授Christopher Mason博士表示:“我们一直在不同条件下测试EM-seq,包括各种起始量、平台和样本。结果表明,与全基因组亚硫酸氢盐测序相比,它能够更均匀地覆盖CpG岛和整个基因组,并且更好地检测CpG位点。”

EM-seq方法使用几种酶来实现序列转化,不仅减少了DNA损伤,还带来了更大片段的文库、较低的GC偏向性、均匀的二核苷酸分布,以及更高的映射效率。这一切,只需要10-200 ng基因组DNA。

欧洲分子生物学实验室的Vladimir Benes认为:“EM-seq不仅仅是用户友好的,通过它,我们还能够分析完整性不佳的DNA,精确测定胞嘧啶的甲基化状态。如果亚硫酸氢盐转化是唯一可行的方法,那么我们肯定没法获得相关的结果。”

此试剂盒包含了EM-seq转化和文库制备所需的全部试剂,有24次反应和96次反应两种规格。若要尝试其他应用,也可以单独购买转化模块。(生物通 薄荷)

立即索取NEBNext EM-seq以及NEBNext系列文库制备产品的详细资料

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