“石以砥焉,化钝为利!”Takara匠心打磨FFPE样本分析利器

【字体: 时间:2019年07月03日 来源:TAKARA

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  工欲善其事必先利其器,分析FFPE样本必须选对技术与试剂。本专题将向您介绍Takara科学家匠心打磨出的FFPE样本分析利器,帮您填平FFPE样本核酸扩增难、定量难、NGS建库难、结果一致性不足这几个大坑,使分析FFPE样本变得都挺好。

  

工欲善其事必先利其器,分析FFPE样本必须选对技术与试剂。本专题将向您介绍Takara科学家匠心打磨出的FFPE样本分析利器,帮您填平FFPE样本核酸扩增难、定量难、NGS建库难、结果一致性不足这几个大坑,使分析FFPE样本变得都挺好。

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE)技术是一种先用福尔马林固定,再用石蜡包埋临床组织样本的处理方法。由其可长期常温保存的特点被全球的医院或组织样本库大量采用,供组织学诊断及研究使用。

随着qPCR、NGS等技术发展,数亿份FFPE样本有了更大的研究价值。这些珍贵并来源广泛的医学研究材料为回顾性研究、阐明疾病发病机理、Biomarker筛查、预后指示等提供了宝贵的资源。

然而,福尔马林固定样本时,组织中的核酸容易发生不同程度的降解与分子间交联,石蜡的高温渗入又进一步加速核酸的降解,保存时间及环境对核酸也有不小影响,即FFPE样本中不易留存高品质核酸。同时,提取核酸前不当的前处理方案,不合适的扩增方法与条件也不易获得足够量的核酸。再者,若一次性分析的样本量较大,实验员的样本处理、仪器和方法之间的微小差异会引起结果发生显著变化,导致核酸质量、下游实验结果的可靠性、重复性与一致性存疑。

以上因素,让科研工作者既要面对挑战与困难,又不忍舍弃FFPE样本这一“宝藏”,to do or not to do, that’s a question?

有了Takara FFPE样本分析利器,事情正在发生变化!

 

突破瓶颈,DV200=25%的FFPE样本进行RNA-Seq研究成为可能!

从FFPE样本中分离纯化核酸进行NGS分析研究逐渐成为重要手段,但由于FFPE样本容易发生核酸的降解和损伤,所以从有限且珍贵的FFPE样本中获得完整且准确的信息进行建库测序无疑是“难于上青天”!Takara倾力打造的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian,具有难以置信的RNA品质包容度,可以1-100 ng FFPE来源的total RNA起始,即使是品质较差的样本,也可以构建高品质的文库!同时采用全新的Zap R v2 R-Probes v2核糖体cDNA去除技术,不需要进行rRNA去除的前处理操作,不要太好用!,

 

快人一步,仅需2h即可完成FFPE样本的DNA-Seq文库构建!

FFPE样本,作为生物和医学领域的重要样本来源,广受研究者的青睐。但由于多种因素影响,一般从FFPE样本中难以获得高质量且足量的DNA。因此在构建文库时,文库的转化效率差,文库片段较小,测序重复序列较多,覆盖度较低等一系列问题颇受诟病!SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit 使用特别的茎环型接头,整个建库过程无需转管和纯化,可以100 ng FFPE来源的DNA起始2小时内完成构建文库,从而实现对FFPE样本进行有效分析!
 
针对9种不同的100 ng 的FFPE样本,分别使用SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit 、A公司试剂盒和B公司试剂盒制备文库。与其它公司同类试剂盒相比,使用本试剂盒可以获得更高的文库多样性和更低的重复read比例,且构建文库产生的片段较长。另外在不同GC含量范围内可以产生更均匀的覆盖分布。

FFPE样本难扩增?改良的MightyAmp™ Ver.3发挥威力!

数量巨大的FFPE样本蕴含着无限的科学研究机会,但同时也是研究者们很棘手的研究对象,如何从样本中获得生物信息就显得至关重要。PCR技术作为分子检测领域中较为普遍的技术,大大提高了FFPE组织样本的临床应用。

Takara作为PCR酶的重要企业,自1994年开始销售PCR酶以来,为了满足科研人员的各种要求,一直致力于新产品的开发。特别研发的MightyAmp™系列具有很强的扩增性能,对于使用普通PCR酶难以扩增的样本,也显示出很好的扩增能力,如含有大量PCR阻害物的生体粗提样本。

MightyAmp DNA Polymerase Ver.3是对MightyAmp DNA Polymerase进行了改良,这种改良后的PCR酶和Buffer组合使用,可进一步增强对PCR阻害物的抵抗性。此外,也提高了血液、动植物组织等生物体样本直接加入到反应液中的Direct PCR的反应性能。无论是PCR阻害物含量较多的粗提样本,还是GC Rich、AT Rich的模板均可在宽广的模板范围内进行有效扩增,并根据需要将试剂盒中附带的10×Additive for High Specificity添加到PCR反应液中可提高PCR扩增的特异性和检测灵敏度。

一步法cDNA合成反应,操作简单。Takara RT-qPCR方案高灵敏度定量FFPE来源miRNA!

癌症已经成为人类的“杀手”,较难医治。国际抗癌联盟认为,1/3的癌症是可以预防的,1/3的癌症如能早期诊断是可以治愈的,1/3的癌症可以减轻痛苦,延长生命。FFPE样本作为生物和医学领域的重要样本来源,已经成为许多研究人员重要的癌症研究材料。

当前,研究人员更迫切需要一种快速有效的癌症研究方法。RT-qPCR就是一种可以快速,灵敏地定量基因表达的技术,能从相对少量的起始材料(如FFPE样本)中检测mRNA,miRNA,lncRNA的差异表达。该技术应用广泛,检测灵敏度高,检测低拷贝RNA非常实用。

这其中需要特别说明microRNA的定量研究。microRNA是一类被广泛关注的非编码RNA,对植物和动物的基因表达有着非常重要的调控作用。长度为22 nt左右,与普通的捕获探针或PCR引物的长度相当,并且GC% 含量从5%-95%,差异较大,普通检测方法很难获得足够的灵敏度,所以需要针对microRNA优化qPCR体系。

Takara提供用于microRNA定量检测的Mir-X™ 系列产品。Mir-X™ 系列为简单的一步法cDNA合成系统、一次反转FFPE样本中的不同microRNA。试剂盒附带通用的PCR下游引物,只需设计特异性的上游引物即可。可对低至50 copies的microRNA进行检测,灵敏度高。高度特异性检测不同的miRNA变种。

一次最多运行5184个qPCR反应的Real-Time PCR系统,高通量检测FFPE来源miRNA!

数以亿份的FFPE样本保存着巨大的科学研究价值。除核酸提取、建库等难题外,如何高效、快速、准确地完成大量样本的分析检测工作,也同样是需要面对的挑战。

SmartChip Real-Time PCR System是高通量qPCR系统。一次运行可同时进行最多5,184个qPCR反应。灵活的Assay × Sample组合,可添加或删除各个PCR反应。2小时即可完成qPCR反应和数据分析。100 nL反应体系,既保证检测的灵敏度,又节约了试剂成本。



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