早期试用者如何评价PacBio Sequel II系统

【字体: 时间:2019年07月03日 来源:生物通

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  Maryland Genomics位于马里兰大学基因组科学研究所内,提供高通量的测序和分析服务。它拥有多种测序平台,包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore的主流平台。作为PacBio的认证服务供应商,它也参与了Sequel II系统的早期试用计划。

Maryland Genomics位于马里兰大学基因组科学研究所内,提供高通量的测序和分析服务。它拥有多种测序平台,包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore的主流平台。作为PacBio的认证服务供应商,它也参与了Sequel II系统的早期试用计划。

近日,马里兰大学基因组科学研究所的科学主任Luke Tallon就介绍了Maryland Genomics的试用情况。

与其他早期试用者一样,Maryland Genomics也收到了32块SMRT测序芯片,用于评估这款新的测序系统。他们评估了多方面的应用,包括对人、植物、昆虫和细菌样本开展经典的CLR(continuous long-read)测序,以及对人、微生物组等样本开展高准确度的HiFi模式测序。

目前Sequel II平台运行CLR文库,采用10h的运行时间,单张芯片平均产出高达75Gb;而运行HiFi文库,采用30h的运行时间,单张芯片平均产出高达250Gb,相比前一代Sequel平台有显著提升。

Tallon报告称,每块8M SMRT Cell在CLR模式下平均可产生92 Gb的序列数据,而在HiFi模式下平均产出高达260 Gb,平均质量评分为Q32。与Sequel系统相比,文库序列明显更长。同时,测序产量也提高了十倍以上。

Tallon首先介绍了他们对16种微生物混合物进行测序的结果。他们利用一块8M SMRT Cell芯片,产生了215 Gb数据,从而实现了高质量的组装。16条微生物染色体中的12条被组装成单个contig,并且所有组装都达到了至少99.9%的完整性。基于此,Tallon认为有了Sequel II系统,他们肯定能够实现比这更深度的多重分析。

接着,Tallon介绍了全长16S扩增子测序成果。利用HiFi模式,他的团队测序了两组96重16S扩增子文库,其中包含模拟菌群(mock communities)和婴儿肠道样本。所产生数据的质量评分高达Q80,且3’端没有降解。在拆分数据后,研究人员发现每个样本平均有大约12,000条HiFi序列,这些序列可实现物种甚至亚种水平的鉴定。此外,Sequel II系统的数据还能够更忠实地还原模拟菌群的组成,体现出它在16S测序上的优势。

最后,Tallon展示了五个阴道微生物组样本的鸟枪法测序结果,他们的目标是组装成完整的基因组。尽管起始材料有限且宿主污染严重,但Tallon报告称,“我们仍然能够组装完整的基因组”,包括无法培养的细菌菌株BVAB1。BVAB1是一种存在于女性生殖道中的梭菌,以往没有参考基因组。

Tallon表示:“根据我们的经验,Sequel II系统基本上可以立即投入生产,我们已经将它用于一系列应用和样品类型的测序 - 从人类基因组到宏基因组和微生物组分析到非模式植物和动物基因组,结果都非常好。对于我们这种每年处理数万个微生物样本的实验室而言,Sequel II系统有可能实现真正深入且经济高效的微生物组和宏基因组测序。”(生物通 薄荷)

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