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免费下载用于批量和单细胞RNA序列数据分析的R软件包——BingleSeq

【字体: 时间:2020年12月24日 来源:

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  RNA测序是转录组分析研究中不可缺少的研究工具。RNA测序最常见的应用是差异表达分析,它被用来确定不同条件下具有不同表达的遗传位点。

RNA测序是转录组分析研究中不可缺少的研究工具。RNA测序最常见的应用是差异表达分析,它被用来确定不同条件下具有不同表达的遗传位点。

单细胞RNA测序是一个较新的领域,用于在单个细胞水平上的转录组分析。这两种方法的标准协议都包括序列库的处理和计数矩阵的生成。这些分析和获得有意义的结果的一个障碍是,它们需要编程专业知识。尽管已经有一些努力致力于开发用户友好的RNA-Seq分析工具,但很少有人能够灵活地探索批量和单细胞RNA测序。

为此格拉斯哥大学的研究人员开发了BingleSeq作为一个直观的应用程序,它为批量和单细胞RNA序列实验产生的计数矩阵的分析提供了一个用户友好的解决方案。

这是通过构建一个交互式仪表板式的用户界面来实现的,该界面包含三个用于上述每种类型分析的最先进的软件包。此外,BingleSeq还包括其他特性,如可视化技术、广泛的功能注释分析和基于等级的差异基因分析结果共识。因此,BingleSeq相当于将一些最受好评、使用最广泛的RNA序列分析软件包和工具放在没有编程经验的生物学家的面前。

软件包下载地址https://github.com/dbdimitrov/BingleSeq/

BingleSeq的批量RNA-Seq分析和scRNA-Seq分析流水线概述

 

原文检索:Dimitrov D, Gu Q. (2020) BingleSeq: a user-friendly R package for bulk and single-cell RNA-Seq data analysis. PeerJ 8:e10469. [article]

(生物通:伍松)

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