华大智造推出超高通量测序仪,有望实现100美元的人类基因组测序

【字体: 时间:2020年03月03日 来源:生物通

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  华大智造(MGI)上周在2020年基因组生物学与技术进展(AGBT)大会上宣布了一款新的超高通量测序平台,在大规模运行时测序人类基因组的耗材成本仅为100美元。

华大智造(MGI)上周在2020年基因组生物学与技术进展(AGBT)大会上宣布了一款新的超高通量测序平台,在大规模运行时测序人类基因组的耗材成本仅为100美元。

华大智造的首席科学家Rade Drmanac出席了AGBT的最后一场演讲,按照惯例这场演讲是为新技术保留的。他介绍了新平台DNBSeq Tx(x代表极限通量),并展示了一些有限的性能数据。

与其说是独立的测序仪,DNBSeq Tx更像是一个测序工厂,它包含几个组件,流体系统和成像系统在空间上分开,并使用大的开放式玻片而不是流动槽来携带DNA纳米球(DNB)芯片。系统中央的机械臂在多个流体工作站和荧光成像仪之间移动玻片。在美国,Tx只能运行华大智造基于抗体的CoolMPS测序试剂,而在中国及其他地区,它可以运行传统测序试剂或CoolMPS测序试剂。

Dramanac表示,公司花了三年时间来研发Tx系统。它有点类似于Drmanac之前创立的Complete Genomics公司开发的Revolocity系统,这家公司在2013年被华大收购。两年后,华大取消了Revolocity系统的商业化。

据Drmanac介绍,Tx系统已经在中国国家基因库启动并运行。目前每次运行可产生70 Tb,换句话说,运行时间为3.5天,每天可产生20 Tb。它可以处理8块独立的玻片,每块玻片产生的数据相当于150个人类基因组(30倍覆盖度)。这种玻片结构大大降低了成本,让100美元的基因组测序得以实现。

Drmanac展示了一些早期的性能数据,将Tx与DNBSEQ-400的全基因组测序结果进行比较,表明两个系统的SNP和indel准确性相似。他在采访中表示,华大智造计划今年对“瓶中基因组(Genome in a Bottle)”的标准样品进行测序,并在其网站上公布数据。

此系统将与样品和文库制备的自动化解决方案一起出售,包括从血液中提取DNA的APL-S(每年可处理20万-60万个样品)和文库制备系统APL-L(每年可处理30万-50万个样品)。它还将配备一个名为zTron的计算机处理系统,可用于FASTQ和VCF等文件的数据分析,每年可处理1万-10万个样品。

Drmanac表示,从理论上说,Tx每年能够产生10万个人类基因组(30倍覆盖度),约需要50台系统才能每年对美国的所有新生儿进行测序。另外,它每年可运行100万次游离DNA的肿瘤学检测,或测序1亿个单细胞的转录组。他补充说,另一个潜在应用是对人类基因组进行浅层测序(2倍覆盖度),每个基因组的成本不到10美元。

华大智造目前尚未确定Tx系统的目录价。Drmanac表示,由于系统会根据客户的特定需求进行调整,故客户之间的定价也可能有所不同。“目前很难评估每个基因组的测序试剂成本是500美元还是100美元,”他说。不过,如果分摊到数十万个基因组,那么仪器成本也只会让每个基因组的测序成本增加少少。

展望未来,Drmanac表示利用100 nm的DNB来取代200 nm的DNB,华大智造测序系统的测序成本有望进一步降低。(生物通 薄荷)

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