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聊一聊低丰度蛋白质质谱检测的那些事儿(下)

【字体: 时间:2020年04月30日 来源:基因有限公司

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  在蛋白质谱检测中,破碎方法的选择影响着起始样品的回收率和生物活性,有没有什么方法既能保证样品全部回收又不影响蛋白的理化性质呢?

上期回顾:聊一聊低丰度蛋白质质谱检测的那些事儿(上)

在蛋白质谱检测中,破碎方法的选择影响着起始样品的回收率和生物活性,有没有什么方法既能保证样品全部回收又不影响蛋白的理化性质呢?

说起质谱检测,相信大家都不陌生。基于蛋白质谱检测技术,我们可以了解生物样品里都有哪些蛋白质,蛋白质都有多少,有没有翻译后修饰,修饰在哪个氨基酸上面,这种修饰的蛋白有多少。而在我们的实验过程中,经常会遇到收集到的有效样本量有限,诸如蛋白激酶、转录因子等调控性蛋白又大多都是低丰度蛋白,那么对于微量样品或者说低丰度蛋白,如何提高样本制备中的蛋白得率就显得至关重要。

在上一篇中,我们和大家分享了不使用变性剂的情况下也能获得优异的蛋白提取结果,本期我们继续分享不同的破碎方法对蛋白得率的影响。

破碎方法

液氮研磨通常是指在研钵中加入液氮后手动研磨样品的方法。低温使样品变脆后可以更容易让样品粉末化,适合于大部分组织样品。但实际操作中有一定危险性,既要防止冻伤,又要控制研磨力度防止飞溅,整个过程比较费时费力,而且研磨后残留的粉末不易回收,样品损失较大。

珠磨式匀浆法一般通量较高,一次性处理多个样品,我们只需根据样品类型选择不同尺寸的珠子就能完成样品破碎,但由于珠子自身体积的问题,处理微量样品并不友好,而且在操作过程中容易产生大量泡沫,*终无法回收全部的裂解产物。

探头超声适用于细胞样品的蛋白提取,利用超声波在溶液中的空化作用破碎细胞释放蛋白,能量传递更直接。实际使用中产热大,在冰上操作需注意温度控制,而且接触式样品处理易造成交叉污染。

总体来说,对于微量样品或者说低丰度蛋白的制备,样品回收率至关重要,那么有没有什么方法既能保证样品全部回收又能维持恒定低温不影响蛋白的理化性质呢?

答案是有,使用AFA聚焦超声技术*大限度的保证蛋白的生物活性,提高蛋白的有效得率,是处理微量样品的一大利器


数据来源于某蛋白组学平台DEMO实验

如图所示,使用等量细胞分别用Covaris AFA技术和探头超声进行蛋白提取,质谱分析后发现Covaris AFA技术所得蛋白种类约为探头超声的2倍,可有效提高微量细胞样品的蛋白得率。

此外,在使用等体积裂解液分别用Covaris AFA技术和珠磨式匀浆处理175mg肝脏组织后可以看到珠磨式匀浆法处理过程中产生了大量的泡沫,而Covaris AFA技术无泡沫产生,能更好的保证蛋白活性和回收率,更适合微量样品或低丰度蛋白的样品处理。

选择*适的裂解液体系和*优的破碎方法是保证我们质谱样本制备结果的前提,Covaris AFA聚焦超声技术可以让蛋白质得到充分的释放,减少样品损失,降低样品处理对蛋白生物活性的破坏。

关于低丰度蛋白质质谱检测的讨论到这里就告一段落了,欢迎大家留言讨论!

如果有这样一套系统,可以将蛋白提取、肽段制备这些繁琐的手动操作步骤整合到一个自动化标准化体系中,您感兴趣吗?下一期我们一起来看国外实验室是如何用这套自动化设备进行临床样本的蛋白组学分析?


基于聚焦超声技术的高性能样本处理系统

基因有限公司作为Covaris公司中国区合作伙伴,为您提供*完整组学研究样本处理的解决方案。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”,有专业团队为各大科研机构提供安装培训,技术支持,应用培训与售后维护一条龙服务,赢得客户的一致好评与信任。想要了解更多,请关注我们的官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。

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