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这些样本的RNA-Seq,还能再“救”一下

【字体: 时间:2020年06月16日 来源:Takara

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  面对这些珍贵但品质不高的样本,一个RNA-Seq建库策略就能从容应对——SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian (Pico v2)

在日常科学研究中,很多样本由于蕴藏巨大的科研价值,受到科研工作者重点关注,并用于RNA-Seq分析,揭示疾病发生发展机制。这些样本既包括肿瘤学研究中的FFPE、游离核酸、细胞外囊泡等样本,也包括近来比较受关注的病原微生物样本。但对这些样本进行RNA-Seq时,科研人员往往会遇到很多难点,成功率偏低,阻碍了他们对疾病发生机制的探索。

面对这些珍贵但品质不高的样本,一个RNA-Seq建库策略就能从容应对——SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian (Pico v2)

产品特色
▪ 微量RNA起始 250 pg-10 ng 人、大/小鼠 total RNA起始
▪ 无需担心RNA降解 兼容不同品质的RNA (RIN2-10或DV200>25%)LCM、FFPE来源的样本以及cfRNA等
▪ 操作简便时间短 不需要前处理rRNA, 6小时内完成Illumina文库构建
▪ 非编码与编码同时分析 随机引物起始,捕获全转录组信息
▪ 信息可靠 保留链特异性信息,制备的文库具有方向性

由以上特点,当科研人员面对之前无法成功进行RNA-Seq分析的FFPE、游离核酸、病原RNA等样本时,Pico v2提供了“还能再救一下”的可能↓

1. “拯救”肿瘤学研究的三大样本

● FFPE RNA降解严重?5-50 ng,DV200>25%的RNA样本都别轻言放弃!

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE)样本广泛保存于各大医院、高校、研究所的样本库。这类样本的RNA-Seq分析,能为Biomarker筛查、回顾性研究、疾病机制探讨提供可能。

然而,由于处理、保存等条件的限制,FFPE样本中不易留存高品质RNA。同时,提取RNA前不当的前处理方案,不合适的扩增方法也不易获得足够量的核酸用于NGS分析。

Pico v2专门优化用于低品质、微量的FFPE RNA-Seq文库构建!有一说一,真的好用↓

Takara实验案例

取4个不同降解程度的FFPE-RNA样本(DV200在28%-68%之间),使用本试剂盒制备文库,然后进行NGS分析。同一样品,不同起始量检测到的转录本数量基本相同,具有很高的表达重复相关性,而且比对到rRNA的比率≤20%。

● 游离RNA,细胞外囊泡RNA-Seq难度大?Pico v2 助力攻克难题

游离RNA-Seq(cell free RNA, cfRNA)

游离RNA,是游离于体液中的RNA。随着研究的不断深入,科研人员对cfRNA的关注度逐渐增加。但cfRNA在外周血中含量低、结构不稳定,文库制备比较困难。

别怕,Picov2能轻松应对!我们用实例说话↓

<>实验案例

Takara科学家采用Pico v2与前一代产品Pico v1构建150 pg、1 ng cfRNA样本文库,从实验结果可以看出↓

相较于Pico v1,Pico v2在更低的150 pg cfRNA起始条件下,所建文库mapping率更高,核糖体和线粒体检出比例更低,基因检测数量更多,能进行更高灵敏度的分析。

由此证明:Pico v2更适合cfRNA样本的可靠分析!

细胞外囊泡(Extracellular Vesicles, EV)RNA-Seq

细胞外囊泡是存在于细胞培养上清以及血液、尿液等体液中的各种具有脂质双层膜结构的囊泡总称,主要由外泌体、微囊泡和凋亡小体组成,被认为是潜在的Biomarker。科研人员非常重视EV中RNA的分析,其中mRNA与lncRNA的分析由于存在一定难点,科研人员需要更好的技术去解决问题!

Pico v2采用随机引物起始,能够一个样本同时完成mRNA与lncRNA文库的构建,是EV RNA-Seq的理想选择!

<>实验案例

北京恩泽康泰研发团队选取了9例血浆EV来源的total RNA作为起始样本,input量约为2 ng,采用Pico v2进行文库构建,并用于lncRNA、mRNA的分析。从数据中可以看出当FPKM≥1时,lncRNA检测数为2000~4500,mRNA的检测数接近10000!数据质量良好!


(以上数据来源于北京恩泽康泰生物科技有限公司)

2. 突破病原样本RNA-Seq瓶颈

宏转录组技术是近几年兴起的采用NGS分析环境、临床研究样本中所有RNA病毒的技术,用于RNA病毒基因组序列的解析、溯源与变异追踪,为后续实现对感染性疾病精准诊断、治疗及预防提供技术保障。

科研人员进行病原微生物NGS分析时,往往会遇到病原核酸含量少、样本背景复杂、宿主核酸干扰大、建库过程PCR扩增不均一等问题,给正确分析病毒基因组信息造成困难。

Pico v2能够应对这一挑战,已被大量用于RNA病原微生物的检测分析!

文献案例

复旦大学张永振教授团队通过测序分析了新冠病毒基因组序列,该病毒样本来自一名41岁的男性患者,相关成果发表在Nature杂志题为A new coronavirus associated with human respiratory disease in China的文章中。本研究确定了该病毒的基因组,同时进行系统进化分析。作者使用了Pico v2制备宏转录组文库,通过核心的ZapR v2、Rprobes v2技术在建库过程中去除了人源rRNA!

更多珍贵样本的应用案例及文献报告,请点击:Takara Bio中国官网

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