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NanoDrop发现新冠核酸提取时的胍类残留

【字体: 时间:2020年06月23日 来源:基因有限公司

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  就目前的数据来看,疑似病例的病毒核酸检测假阴性颇高(50%-70%)。其中原因除了病人病程、采集方式、样品送检方式(pooling)等,还有很重要的一部分来自核酸检测试剂盒本身。

尽管做好了防疫常态化的准备,北京新发地的疫情反弹及严峻形势还是让人始料未及。新冠病毒检测及结果又一次成为社会关注的焦点。

新冠病毒检测有多种方法,包括核酸检测、抗体检测、电镜、免疫组化等。国家卫生健康委办公厅公布了针对新冠病毒的最新实验室检测指南,主要还是采用经典、成熟的实时荧光定量qPCR来进行鉴定。


qPCR检测流程

然而,就目前的数据来看,疑似病例的病毒核酸检测假阴性颇高(50%-70%)。其中原因除了病人病程、采集方式、样品送检方式(pooling)等,还有很重要的一部分来自核酸检测试剂盒本身。据了解,多个CDC批准的新冠样本核酸提取试剂盒都含有硫氰酸胍(GuSCN)和盐酸胍等组分。如果硫氰酸胍残留在样本中,不会明显改变核酸样本在260nm处的吸光值以及核酸测量浓度,因此使用普通的分光光度计检测不出可能的胍类残留。但是,残留的硫氰酸胍(GuSCN)可引起聚合酶变性,从而抑制qPCR反应,最终可能影响检测结果。


GuSCN不会明显改变核酸样本在260nm处的吸光值

 
增加 GuSCN浓度会提高Ct值

来自Thermo Fisher的NanoDrop One/OneC,系统内置Acclaro软件可以检测RNA样品中的GuSCN,帮助用户防止qPCR实验失败。

同时,NanoDrop Acclaro智能污染物分析功能可以鉴定样本中存在的污染物并矫正给出真实浓度。除了硫氰酸胍(GuSCN)和盐酸胍,对核酸的质控,还支持识别蛋白、苯酚等污染物。


最后要说一下,NanoDrop还是MIQE 操作指南推荐的对qPCR和RT- PCR进行核酸质控的实验方法。

注:MIQE是09年发表于临床化学杂志的一篇Review,它系统的总结了在qPCR实验中的问题和注意事项,规范了数据发表文章所必须的基础信息,使科研工作人员在qPCR实验时有规则可依。

介绍到这里,如果您的研究或者工作需要使用NanoDrop One/One/OneC智能超微量分光光度计来提升灵敏度或者数据规范性,可关注我们的官方微信“基因快讯”或者直接扫描下方的个人企业微信号与我联系。

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