中外学者Cell发文：中国广东省SARS-CoV-2基因流行病学

　　

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注，病原体被鉴定为SARS-CoV-2。截至2020年4月16日，全球确诊病例累计超过200万例，死亡14万余例。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。了解病毒进入新种群后的进化和传播方式对于设计有效的疾病控制和预防策略至关重要。

2020年4月16日，广东省疾病预防控制中心柯昌文（广东省公共卫生研究院为第一单位）及牛津大学Oliver G Pybus共同通讯在Cell 在线发表题为“Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China ”的研究论文，该研究结合了宏基因组测序和平铺扩增子方法，从广东受感染的个体中产生了53个基因组。

流行病学和系统发育分析相结合的结果表明，尽管由于大流行初期病毒遗传变异低，但系统发育聚类尚不确定。该研究结果表明，假定的本地传输链的时间，规模和持续时间受到国家出行限制以及该省大规模密集监视和干预措施的约束。尽管取得了这些成功，但随着从其他国家进口的病例数量的增加，仍需要在广东进行COVID-19监视。

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的，病原体被鉴定为SARS-CoV-2。到2020年1月，怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。自2020年1月以来，该病毒已迅速传播到中国大部分地区和其他国家。截至2020年4月16日，全球确诊病例累计超过200万例，死亡14万余例。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。

广东省和珠江三角洲大都会区拥有一些世界上最大，人口最稠密的城市地区。广东是中国人口最多的省份（1.13亿人口），其中有许多大城市，包括广州（1200万），深圳（1000万），东莞（800万）和佛山（700万）。该省与湖北省的交通联系十分便利，湖北省报告了首例COVID-19病例。据估计，从2020年1月10日开始的春节期间，武广高速铁路每天运送10-20万人次。到2020年3月19日，广东省确诊的COVID-19病例为1,388例。

了解病毒进入新种群后的进化和传播方式对于设计有效的疾病控制和预防策略至关重要。在这项研究中，研究人员结合遗传和流行病学数据来调查广东省SARS-CoV-2的遗传多样性，进化和流行病学。研究人员使用宏基因组测序和多重PCR扩增，然后进行纳米孔测序，从广东53例患者中产生了病毒基因组序列。通过系统发育分析，在可用流行病学信息的背景下进行解释，研究人员试图调查传入病例与本地传播的时间和相对贡献，广东省内遗传上不同的传播链的性质以及广东省如何反映紧急情况。该研究结果可能为在其他地区实施和解释COVID-19的基因组监测提供有价值的信息。

具体而言，到2020年初，中国人口最多的广东省进行了广泛的分子监测，从160万试验中报告了1388例RNA阳性病例。为了了解中国SARS-CoV-2的分子流行病学和遗传多样性，研究人员结合了宏基因组测序和平铺扩增子方法，从广东受感染的个体中产生了53个基因组。

流行病学和系统发育分析相结合的结果表明，尽管由于大流行初期病毒遗传变异低，但系统发育聚类尚不确定。该研究结果表明，假定的本地传输链的时间，规模和持续时间受到国家出行限制以及该省大规模密集监视和干预措施的约束。尽管取得了这些成功，但随着从其他国家进口的病例数量的增加，仍需要在广东进行COVID-19监视。

参考消息：

https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/products/coronavirus/CELL_CELL-D-20-00921.pdf