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做ChIP实验吗?Covaris AFA来帮您!!

【字体: 时间:2020年07月02日 来源:基因有限公司

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  好的开始等于成功了一半,对于ChIP实验而言,良好的染色质剪切效果是ChIP实验过程中至关重要的步骤,直接决定了ChIP实验能否成功。今天我们就来聊一聊染色质剪切过程中的一些小tips。

染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究DNA与蛋白质相互作用的常用实验技术。在自然状态下固定蛋白-DNA复合物,随后将染色质随机打断为一定长度范围内的小片段,通过免疫学方法富集目标复合物从而得到相应DNA片段,获得蛋白质与DNA相互作用信息。

ChIP实验的一般流程


直观示意图

Reference: Huang C, Wu JC. Epigenetic Modulations of Induced Pluripotent Stem Cells: Novel Therapies and Disease  Models. Drug discovery today Disease models.

好的开始等于成功了一半,对于ChIP实验而言,良好的染色质剪切效果是ChIP实验过程中至关重要的步骤,直接决定了ChIP实验能否成功。今天我们就来聊一聊染色质剪切过程中的一些小tips。

01 甲醛固定

甲醛固定是ChIP实验中非常关键的步骤,利用甲醛交联蛋白与核酸,使蛋白质抗体沉淀蛋白-核酸复合物后,从而检测与蛋白质相互作用的核酸。而在交联过程中甲醛浓度和交联时间对交联效果则具有明显影响,Covaris推荐使用新鲜的不含甲醇的1%单体甲醛室温进行固定,固定时间根据不同的样本进行摸索,通常针对干细胞和原代细胞,固定2.5和5min,其他细胞固定5和10min。

甲醇的影响

 
甲醇会增加细胞通透性,容易造成固定过度

固定时间的影响


不同组织需要实验优化不同的时间,不同蛋白和DNA结合方式不同,固定时间过长,使染色质固定过度产生较长的片段,影响剪切效果

02 裂解细胞提核


剪切前进行核制备,保证更好的剪切效果

03 染色质剪切

采用Covaris AFA(Adaptive Focused Acoustics,自动声波聚焦)技术可以帮您实现理想的染色质剪切,实现重复性高、剪切随机、染色质片段大小分布均匀、染色质片段损失小、无交叉污染的剪切效果,更好的满足下游实验的需求。

高重复性剪切


5组样品在同一条件下单独剪切,片段分布一致

高灵敏度剪切


配合Ultra Low Chromatin Kit 可完成低于10^5个细胞样本量

配套试剂盒


针对不同的样本类型,Covaris提供完整剪切protocol和试剂盒

发表文献


文献发表量逐年增高

Covaris AFA技术是在传统超声波处理基础上的技术革新,通过球面固态超声换能器将声波聚焦到样本区域,对样本进行处理。聚焦声波能够以很低的能量输入获得良好的处理效果,避免传统超声能量过剩可能引起的样本处理过度即损伤。正是Covaris优良的性能,在ChIP实验染色质剪切过程中带来了不凡的表现,实现良好的重复性、剪切均匀性,精准的温控效果也保证生物大分子免受热损伤,尽可能保护生物信息的完整性,为后续的IP以及数据分析夯实基础。

基因有限公司作为一家专业性的生命科学仪器、试剂供应商,自1992年成立以来一直秉承着“Let Professionals Serve Professionals”的宗旨,力求将先进的技术方法推荐到国内,为广大客户提供包括技术咨询、产品选配、售后培训及维护的专业服务体系。作为Covaris中国区代理商,可为感兴趣的客户提供专业的产品咨询、技术答疑及联系试用等,欢迎大家前来咨询。


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