Nature Medicine:新生儿测序有望发现先天性代谢缺陷

【字体: 时间:2020年08月12日 来源:生物通

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  先天性代谢缺陷(IEM)会对新生儿产生严重的危害,若不能及时发现,甚至可能危及生命。加利福尼亚州近日开展的一项回顾性研究表明,对新生儿血斑样本进行外显子组测序,有望发现先天性代谢缺陷,并与传统的质谱法新生儿筛查互补。

  

先天性代谢缺陷(IEM)会对新生儿产生严重的危害,若不能及时发现,甚至可能危及生命。加利福尼亚州近日开展的一项回顾性研究表明,对新生儿血斑样本进行外显子组测序,有望发现先天性代谢缺陷,并与传统的质谱法新生儿筛查互补。这项成果于本周发表在《Nature Medicine》杂志上。

一般来说,先天性代谢缺陷的筛查是通过串联质谱检测来完成的。这种检测主要关注与脂肪酸代谢疾病相关的十几种氨基酸以及酰基肉碱。尽管质谱筛查的方法已经成熟,但假阳性仍是个问题,特别是对于NICU的新生儿,他们因为出生体重不足或早产而表现出代谢失衡。

作为NBSeq计划的一部分,加州大学伯克利分校、加州大学旧金山分校等结构的研究人员从生物样本库中选择了1,200名新生儿的干血斑,用于发现和验证阶段的外显子组测序。他们解释称,其中包括800多名患有先天性代谢缺陷的新生儿,以及385名串联质谱结果为假阳性的婴儿。

研究人员发现,基于78个基因的分析,外显子组测序策略在检测先天性代谢缺陷时的敏感性为88%,而质谱检测的敏感性为99%。同时,外显子组测序筛查发现代谢缺陷的特异性为98.4%,而串联质谱方法的特异性为99.8%。

根据这些结果以及NBSeq分析的其他结果,作者认为,全外显子组测序本身的敏感性或特异性不足,无法作为大多数新生儿的主要筛查方法。不过,对于MS/MS筛查结果异常的婴儿,全外显子组测序可作为二次检测,以减少假阳性结果,有助于及时解决问题。

共同通讯作者Steven Brenner表示:“这项研究代表了目前最大型的先天性代谢缺陷病例群体的测序工作,可对全外显子组测序作为筛查工具的表现进行无偏倚的评估。”

NBSeq计划始于加州大学旧金山分校一项为期五年的试点研究,其重点是探索外显子组测序的潜在应用和意义,以便发现并更好地了解婴儿的代谢和免疫疾病。这个项目在早期获得了450万美元的资金。

加州大学旧金山分校的Jennifer Puck去年在学术会议上介绍了该计划的最新进展。她指出,尽管外显子组测序的敏感性低于传统的质谱筛查,但测序方法的确能发现过去未报道的变异,让人们能够更深入地了解导致这些疾病的遗传变异。

研究人员在最新的论文中写道:“先天性代谢缺陷(的测序)为评估测序在群体筛查中的作用提供了一个理想的模型,因为其中大多数是孟德尔遗传病,影响人们熟知的信号通路。”(生物通 薄荷)

原文检索

Adhikari, A.N., Gallagher, R.C., Wang, Y. et al. The role of exome sequencing in newborn screening for inborn errors of metabolism. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0966-5

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