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DNA知道,eDNA呢?

【字体: 时间:2020年08月17日 来源:基因有限公司

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  MACHEREY-NAGEL 新推出的NucleoSpin®eDNA water试剂盒,快速纯化不同水样环境DNA (eDNA)。提取到的eDNA可适用于多种下游应用,比如metabarcoding、 barcoding 、qPCR 和 ddPCR。

eDNA(Environmental DNA)可以被描述为生物体释放到环境中的任何DNA。就水样而言,eDNA可来自上皮细胞、排泄物、腐烂的生物体或组织碎片、生殖细胞(如精子、卵、花粉)。随着分子生物学与高通量测序技术的发展,eDNA的应用领域也在不断的拓展,主要包括生态学、保护生态学、入侵生态学,以及生物多样性监测等方面。

与传统的采样方法相比,eDNA研究对所研究的生态系统造成的损害要小得多且速度更快。然而仍存在问题。水样通常含有高浓度的污染物,可能会阻碍下游的分析;水样中提取的eDNA常常是片段化的,对净化提出了挑战;外源DNA的污染可能会引起分析结果的不准确性。如何从水样中获取这些样本并从中纯化出满足下游应用的质量好的核酸?

MACHEREY-NAGEL 新推出的NucleoSpin®eDNA water试剂盒,快速纯化不同水样环境DNA (eDNA)。提取到的eDNA可适用于多种下游应用,比如metabarcoding、 barcoding 、qPCR 和 ddPCR。

流程:

优势:

1. 快速
70min内可实现filters里面eDNA纯化,避免了常规提取过程中的长时或过夜孵育时间。

2. 适用于各种来源的水
流动水或静止水,淡水或咸水,清澈水或污染/浑浊水等均可适用

3. 兼容多种过滤系统
可与多种过滤器和过滤系统兼容(不包括在试剂盒中),如传统的瓶口圆形过滤器(如45 mm)和筒式过滤器(如Sterivex™)。

4. 兼容实验室设置
如果实验室没有水过滤装置,NucleoSpin®eDNA还提供了一种直接水样沉淀eDNA方案,可有效快速分离游离DNA。

5. 降低外边DNA污染风险
该产品是在高卫生标准的控制和监测条件下生产的,并且试剂盒的组份已用环氧乙烷处理,以尽可能降低任何来源的DNA污染风险。

应用数据:

优越的下游应用

使用NucleoSpin®eDNA试剂盒和两个其它品牌试剂盒,分别对来自creek和pond水样进行eDNA纯化,并通过qPCR分析metazoan DNA。对于两种类型的样品,NucleoSpin®eDNA水试剂盒的使用效果显著更好(Ct值更低)。

淡水池塘中欧洲蟾蜍的季节性追踪

在德国,3月冬眠过后欧洲蟾蜍变得活跃起来,通常在四月开始产卵。对蟾蜍和/或卵和蝌蚪分离eDNA并进行后续PCR分析。在这里,使用了NucleoSpin®eDNA试剂盒和NucleoSpin®过滤器Midi进行eDNA分离。PCR引物设计用于扩增特异性真核生物eDNA或一般真核生物eDNA。

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