Nature：基因组分析显示Alpha和Delta变异株横扫英格兰

　　

随着新冠肺炎疫情的演化，新的变异株不断产生，需要及时的流行病学监测。英国的研究人员近日对多个分离株进行基因组分析，发现英国COVID-19的特点是不同的SARS-CoV-2病毒株产生多种流行病和亚流行病。

Wellcome Sanger研究所COVID-19基因组学计划的负责人Jeffrey Barrett说：“这些基因组监测数据为我们提供了一种观察疫情暴发的全新方式，让我们了解一种新的传染性病原体如何传播和进化。”

“我希望，类似的基因组监测计划能在全球范围内发展起来，”Barrett说。“这样我们就可以充分做好准备，以便应对未来的传染病暴发，无论是熟悉的病原体还是全新的病原体。”

这篇题为“Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England”的论文于上周发表在《Nature》杂志上。

欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）、Sanger研究所等机构的研究人员利用系统地理学分析等方法分析了近281,200个SARS-CoV-2分离株的基因组序列，这些分离株是在2020年9月至2021年6月从英格兰的315个卫生部门采集的。

研究人员解释说，测序的病毒占这个时间段内鉴定出的PCR阳性样本的7%以上，并且跨越了约71个病毒谱系，随着时间的推移，流行的谱系不断发生变化。通过分析不同地理位置的SARS-CoV-2基因组，他们能够追溯不同地区新毒株的引入、传播和相互作用。

这项工作是基于英国COVID-19基因组学联盟（COG-UK）产生的SARS-CoV-2基因组。在疫情暴发期间，COG-UK团队已对近600,000个SARS-CoV-2分离株进行了测序。

研究人员通过分析发现，2020年初秋存在多个谱系，随后Alpha变异株（B.1.1.7）开始增多，这种变异株似乎比之前广泛流传的谱系更具传播性。尽管Alpha变异株在2020年末实施第二次全国封锁的情况下继续传播，但这种病毒株似乎被2021年初的第三次更严格封锁所遏制。

之后，取代Alpha变异株及其他谱系的病毒株开始出现。当时的病毒株逐渐被2021年初夏引入英国的Delta变异株（B.1.617.2）所取代。随着封锁政策的放宽，Delta变异株开始占据主导地位。到了6月底，它大约占鉴定出的SARS-CoV-2分离株的98%。

“这些数据揭示了2020年秋季的多个谱系，接着是Alpha和Delta变异株的横扫，”作者报告称，并指出“具有更高传播性的变异株有着最强的阳性选择，并在10个月的时间内横扫英格兰。”

研究人员指出，目前还需要更多的监测和分析，以密切关注其他版本的病毒，它们往往会适应人类宿主的免疫力不断提高。

英国卫生安全局的COVID-19事件负责人Meera Chand表示：“多亏了英国和国际上的基因组监测，显然我们面对的病毒自2020年3月以来已经发生了很大变化。我们将继续监测SARS-CoV-2病毒，以确保我们能够使用有效的疫苗、治疗方法和公共卫生措施来应对当前和未来的变异株。”

原文检索

Vöhringer, H.S., Sanderson, T., Sinnott, M. et al. Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04069-y