摘要
关键发育的“主转录因子”（MTFs）可以在肿瘤发生过程中被颠覆，以控制致癌转录程序。目前识别mtf的方法依赖于ChIP-seq数据，这在许多癌症中是不可用的。我们开发了CaCTS（癌症核心转录因子特异性）算法，利用泛癌RNA测序数据对候选MTF进行优先排序。CaCTS识别了34种肿瘤类型和140种亚型的候选MTF，包括对MTF未知的癌症类型/亚型的预测，包括PAX8、SOX17和MECOM作为卵巢癌（OvCa）的候选。在OvCa细胞中，与已知的MTF特性一致，这些因子是生存所必需的，位于超增强子附近，共同占据调控元件，共同结合编码OvCa生物标记物的位点，并且对药物抑制转录敏感。我们对MTFs的预测，特别是对转录驱动因素了解有限的肿瘤类型，为MTFs在广泛的癌症中的靶向治疗铺平了道路。
