从泛癌表达数据预测主转录因子

【字体: 时间:2021年11月25日 来源:sciencemag

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  从泛癌表达数据预测主转录因子

  

摘要

关键发育的“主转录因子”(MTFs)可以在肿瘤发生过程中被颠覆,以控制致癌转录程序。目前识别mtf的方法依赖于ChIP-seq数据,这在许多癌症中是不可用的。我们开发了CaCTS(癌症核心转录因子特异性)算法,利用泛癌RNA测序数据对候选MTF进行优先排序。CaCTS识别了34种肿瘤类型和140种亚型的候选MTF,包括对MTF未知的癌症类型/亚型的预测,包括PAX8、SOX17和MECOM作为卵巢癌(OvCa)的候选。在OvCa细胞中,与已知的MTF特性一致,这些因子是生存所必需的,位于超增强子附近,共同占据调控元件,共同结合编码OvCa生物标记物的位点,并且对药物抑制转录敏感。我们对MTFs的预测,特别是对转录驱动因素了解有限的肿瘤类型,为MTFs在广泛的癌症中的靶向治疗铺平了道路。

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