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AGBT 2021:空间转录组学新品荟萃(下)

【字体: 时间:2021年03月11日 来源:生物通

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  2021年度的基因组生物学与技术进展大会于3月1日至3日在线上举行。空间转录组学以及单细胞领域的进展备受关注。NanoString、10x Genomics、Vizgen、PacBio等公司纷纷介绍了他们的最新产品。

2021年度的基因组生物学与技术进展大会(AGBT 2021)于3月1日至3日在线上举行。AGBT大会被认为是基因组科学与技术领域最高水平的峰会之一。众多科学家和供应商参加了上周的会议,并分享了他们的最新工作和技术进展。
 
空间转录组学技术近年来进展迅速,为人们了解复杂组织提供了独特视角,去年也被《Nature Methods》杂志评为2020年度技术(Method of The Year)。因此,空间转录组学以及单细胞领域的进展备受关注。10x Genomics、NanoString、Vizgen、PacBio等公司纷纷介绍了他们的最新产品。

NanoString

NanoString Technologies的首席科学官Joseph Beechem在大会上分享了公司的最新产品:Whole Transcriptome Atlas(WTA),利用NanoString GeoMx DSP数字化空间分析系统开展人类组织的全转录组分析(WTA for mouse将在第二季度发布)。

WTA带来了全面而无偏向的人类和小鼠空间全转录组分析解决方案,下游可直接对接Illumina测序技术进行定量检测。它可在单张FFPE组织切片或者新鲜冷冻组织切片上实现人类全转录组表达分析,覆盖18000多个蛋白编码基因。它将GeoMx RNA分析产品组合从肿瘤学和免疫学扩展到神经科学、发育生物学等其他学科领域。

NanoString 在去年12月宣布正在开发另一款空间组学平台——空间分子成像仪(SMI),与GeoMx DSP互补。据Beechem介绍,GeoMx DSP是为多细胞水平的空间生物学而设计的,而SMI是为单细胞和亚细胞水平的空间生物学而设计的。它能以亚细胞分辨率来分析单个细胞中的RNA和蛋白质。对于每个细胞中的每条RNA,它将反馈精确的空间坐标(x、y和z轴)。目前,NanoString已开放了SMI平台的早期试用计划。

Beechem认为,这些工具将带来一场革命。“空间分子成像仪以亚细胞分辨率来分析这些关键的转录本,且具有单细胞灵敏度。GeoMx数字化空间分析系统则在整个转录组水平上研究这些独特的空间信息。它们代表了一场真正的革命,帮助您在空间生物学中获得新的发现。”

PacBio

PacBio的首席科学官Jonas Korlach主要介绍了HiFi reads及其在新冠病毒和疑难杂症中的应用。Korlach认为,PacBio的HiFi reads是追踪SARS-CoV-2突变的首选测序方法,因为引物测序仅覆盖了基因组的4.5%,而绝大多数都可用来追踪变异。更长且准确的HiFi reads还可以检测更多的变异类型,包括SNP和插入缺失。

Korlach表示,基于读长和成本,PacBio未来的定位是病原体监测的最佳测序平台。他说:“尽管现在的重点是在社区中检测COVID-19,但目前正在开发的设施将为未来抗击COVID-19及其他病原体做好准备。”

Korlach还介绍了PacBio技术在罕见病和遗传病检测上的应用。他说,PacBio能够完整地检测SNV、插入缺失、CNV、定相、易位、倒位和重复扩增。“通过更全面检测所有这些变异类型,我们能够获得很高的解释率。”他列出了以前无法解释但通过HiFi测序已解决问题的遗传病。Korlach指出,大约一半到三分之二的无法确诊遗传病可通过PacBio测序来解释。

今年早些时候,PacBio与Invitae在宣布合作时曾提出目标:以基因组作为平台。Korlach表示:“以基因组作为平台,在人生的不同阶段从该平台中挖掘所需信息,并将其应用在不同类型的疾病领域,这个概念是精准医疗的强大范例。”他表示,PacBio计划继续改进测序的方方面面,以便实现这一愿景。

Rebus Biosystems

Rebus Biosystems利用其专利的Synthetic Aperture Optics(SAO)技术,推出了Rebus Esper空间组学平台。SAO是一种超高分辨率的技术,能够对数十万个细胞中的数千万个细胞特征进行定量分析。去年11月,Rebus完成了2000万美元的B轮融资,由Illumina Ventures领投。

针对Rebus Esper平台发布的第一款检测产品是Esper High Fidelity assay(Esper高保真检测)。这是一种基于单分子荧光原位杂交(smFISH)技术的超灵敏方法,能够原位解析单个RNA分子,为研究人员带来完整的基因表达图像。据介绍,Esper高保真检测组合将在2021年实现更高水平的多重检测以及蛋白质共检测。(生物通 薄荷)

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