新RNA测序方法打开了潘多拉之盒

RNA测序为研究人员提供了在不同环境条件和广泛的其他研究设计下，根据治疗方法，在疾病状态中发生的以前未检测到的变化的可见性。加州大学河滨分校的科学家开发了一种新的RNA测序方法，称为“克服RNA修饰流产测序的全景RNA显示”或PANDORA-seq，可以帮助发现许多以前无法检测到的修饰过的小RNA。

　　

潘多拉(PANDORA)是美国加州大学河滨分校(UCR)的科学家们开发的一种新的RNA测序方法。与潘多拉盒子不同的是，潘多拉盒子指的是由于一个简单的错误计算而引起的无尽的复杂或麻烦的来源，这个潘多拉可能是一个机会的来源，因为它可以帮助发现许多以前无法检测到的修饰过的小rna。

研究人员已经将他们的研究方法和发现发表在《自然细胞生物学》上，论文题为《PANDORA-seq通过克服RNA修饰扩展了调节小RNA的全部功能》。

研究人员写道:“尽管高通量RNA测序(RNA-seq)极大地促进了小非编码RNA (sncRNA)的发现，但目前广泛使用的互补DNA库构建协议产生了偏置的测序结果。”“部分原因是RNA修饰干扰了适配器连接和反转录过程，从而阻止了对带有这些修饰的sncrna的检测。在这里，我们提出了PANDORA-seq(克服RNA修饰流产测序的全景RNA显示)，采用组合酶法去除阻碍接合和反转录的关键RNA修饰。”

RNA-Seq为研究人员提供了先前未检测到的疾病状态变化的可见性，以应对治疗方法，在不同的环境条件下，以及广泛的其他研究设计。研究人员称，他们的新方法PANDORA-seq发现了一个令人惊讶的小rna图谱，主要由tsRNAs和rrna衍生的小rna，或rsRNAs，而不是之前认为主导许多哺乳动物组织和细胞的microRNAs。

陈琪博士，加州大学河滨分校生物医学助理教授

领导这项研究的UCR医学院生物医学科学助理教授Qi Chen博士解释说:“PANDORA-seq可以广泛用于在各种生理和疾病条件下描绘小RNA景观，以促进发现参与这些条件的关键调控小RNA。”“改良过的小rna披着一件‘隐形斗篷’，可以防止它们被传统的rna测序方法检测到。有多少这样的修饰过的rna ?它们序列的起源是什么?它们的生物功能究竟是什么?这些都是PANDORA-seq可能能够回答的问题。”

PANDORA-seq采用一步一步的酶处理去除关键的RNA修饰。新方法鉴定了修饰sncrnas -主要是转移rna来源的小rna (tsRNAs)和核糖体rna来源的小rna (rsRNAs)，这些以前未被检测到，在小鼠大脑、肝脏、脾脏和精子中表现出组织特异性表达，以及在胚胎干细胞(ESCs)和HeLa细胞中表现出细胞特异性表达。研究人员写道:“利用PANDORA-seq，我们揭示了诱导多能干细胞生成过程中前所未有的microRNA、tsRNA和rsRNA动态。”

“潘多拉-seq打开了小rna的潘多拉之盒，”内华达大学雷诺医学院生物信息学家、该研究的共同通讯作者周彤博士说。“我们现在可以在RNA舞厅与这些曾经看不见的伙伴共舞。”

Sihem Cheloufi博士，加州大学河滨分校生物化学助理教授。    
[加州大学河滨分校Cheloufi实验室]

“PANDORA-seq,我们发现前所未有的microRNA / tsRNA rsRNA动力学当体细胞诱导多能干细胞重新编程,由成年细胞生成和属性类似于胚胎干细胞,使它们能够区分成身体的所有细胞类型,“添加西赫姆Cheloufi,加州大学河滨分校的助理教授博士,生物化学和共同通讯作者论文的。“一些tsRNAs和rsRNAs可以影响蛋白质合成，甚至影响胚胎干细胞中胚胎干细胞谱系分化。”

研究人员现在决定了解tsRNA/rsRNA是如何产生的，它们如何在干细胞中发挥作用，以及它们如何在发育过程中指挥细胞命运的决定。

陈在开发潘多拉系列时，他想起了盲人和大象的寓言，这个寓言告诉他，只有当不同的部分结合在一起时，真理才会被揭示出来。

“我们有时会忘记大局，只关注其中的一小部分，”他解释说。“也许获得全部真理的唯一途径——大图景——就是突破我们的知识边界，用新发明的技术来证实已揭示的真理。”

“在实验室的显微镜下观察在细胞重编程和分化过程中细胞命运的深刻变化是一件非常有趣的事情，”切鲁菲实验室的博士生、该研究的合著者鲁本·富兰克林(Reuben Franklin)说。“但是潘多拉-seq允许我们窃听这些过程中的分子玩家。”

原文标题：

PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications