当微小的表观基因信号起作用时

——迄今为止规模最大的灵长类基因组调控元素研究

【字体: 时间:2021年06月18日 来源:Nature Communications

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  虽然每个生物体都有一个独特的基因组,一个单一的基因序列,但每个个体都有许多表观基因组。表观基因组由化合物和蛋白质组成,它们可以与DNA结合并调节基因活动,可以激活或失活这些化合物和蛋白质,也可以产生器官或组织特异性蛋白质。由于它是一种高度动态的材料,它可以提供大量的信息来阐明组成身体的各种组织和器官的进化。

  

虽然每个生物体都有一个独特的基因组,一个单一的基因序列,但每个个体都有许多表观基因组。表观基因组由化合物和蛋白质组成,它们可以与DNA结合并调节基因活动,可以激活或失活这些化合物和蛋白质,也可以产生器官或组织特异性蛋白质。由于它是一种高度动态的材料,它可以提供大量的信息来阐明组成身体的各种组织和器官的进化。

现在,来自西班牙国家研究委员会(CSIC)和庞培法布拉大学(Pompeu Fabra University)联合中心进化生物学研究所(IBE)的一个团队,对灵长类动物基因组的调控元素进行了迄今为止规模最大的研究。详尽分析托马斯Marques-Bonet领导的研究小组进行的比较基因组学研究小组的首席研究员IBE,分析了广泛的信号调节基因在类人猿和人类,包括弱活动信号,在先前的研究被忽视。这项由IBE研究员大卫·胡安(David Juan)共同领导的研究表明,在人类中,通常不被研究的最弱的调控信号在与大脑相关的基因调控中发挥着重要作用。这项研究为破译这些信号可能对人类和其他灵长类动物的进化产生的影响打开了一扇门。

该研究实验室开展了迄今为止规模最大的灵长类基因组调控元素研究。

该研究小组使用高分辨率分析大猩猩和人类细胞系的表观基因组信号。特别是,这项研究为四种类人猿和其他灵长类动物提供了新的表观基因组数据:黑猩猩、大猩猩、猩猩和猕猴。

“在这项研究中,我们使用了来自人类和其他灵长类动物的淋巴母细胞系,因为它们作为模型提供了坚实的基础。然后我们比较了不同物种之间的表观基因组信号,包括我们分析中最弱的活性信号。”Raquel评论道,Raquel是IBE比较基因组组的博士,也是这篇文章的第一作者。

“当我们专注于在最弱的表观基因组信号中检测人类的那些特定特征时,我们发现它们与大脑功能有关,”Marquès-Bonet团队的博士生、该研究的合著者保拉·埃斯特勒解释说。“这为深入研究弱表观基因组信号的作用打开了大门,因为它们可能在人类和其他灵长类动物的各种器官中发挥重要作用。”

这项研究包括了通常被忽略的微弱的表观基因组信号,而且已经发现,在人类中,它们与大脑功能有关。

利用淋巴母细胞进行的这项研究表明,该模型可以提供其他更难获取的组织的信息,比如大脑。淋巴母细胞容易获得,也容易培养。这项研究有助于理解灵长类动物的细胞是如何被调节的,以及哪些机制在进化过程中被保存了下来。该研究还提供了灵长类动物基因组和表观基因组数据的全面资源,可供整个科学界使用。

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参考文章:

  García-Pérez, R. et.al. Nature Communications, 2021; Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures; DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23397-1.

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