生物通 | 新技术专栏

空间转录组特色生信分析:GeneWalk快速锁定关键基因!

【字体: 时间:2021年09月30日 来源:基因有限公司

编辑推荐:

  上期我们介绍了Visium空间转录组方案应用新突破,这期隆重推介2021年新出炉的生信分析新利器---GeneWalk分析,帮助快速锁定关键基因,寻找下游实验突破口。

上期我们介绍了Visium空间转录组方案应用新突破,这期隆重推介2021年新出炉的生信分析新利器---GeneWalk分析,帮助快速锁定关键基因,寻找下游实验突破口。基因集团上海贝晶生物,10XGenomics官方认证过的服务商已经将此项分析融入我司空间转录组服务生物信息学分析流程,以及我司常规RNA测序和芯片数据分析流程中,将生信分析的新成果迅速应用到转录组学服务提供给广大用户。

GeneWalk分析及突破性意义

绝大部分的生物功能富集检验,如GO、Pathway 或是GSEA 分析,从逻辑思维的角度是归纳,也就是从个体到一般。它们起到的是概括的作用,回答的问题是诸如:常规转录组分析中处理组与对照组,空间转录组分析中各个Cluster,有哪些主要的生物学功能发生了变化?但是当拿到高通量的组学分析报告后,很多研究者往往又会面临下一个更为困难的问题:应该从何处入手,去验证这个结论呢?生物学假说的验证依赖的是真实实验,而受人力、物力与时间消耗所限,大规模的验证是不切实际的,需要有一种可信的方法来快速定位、寻找关键基因来作为下游实验的突破口。

GeneWalk[1]是哈佛医学院Churchman实验室在2021年2月发表的一个方法,在GO的基础上通过网络标识进一步分析归纳找到基因列表中最重要的基因及最相关的功能,针对性解决上述难题。它的分析过程可以概括为首先基于各种生物学数据库,生成基因间互相调控的有向图,然后图中的每个节点(基因) 进行生物学功能注释,之后通过随机生成具有相同拓扑性质的图结构来衡量富集的生物学功能的显著性,最后将找到的关键基因归结为两类:调控基因与月光基因。从逻辑思维的角度,GeneWalk 是演绎,也就是从一般归结到个体。由于这个分析流程使用的数据库全面,求解统计学显著性引入了最前沿的算法,能够在纷繁的数据中快速锁定关键基因,无疑将大大提高后续研究效率。

[1]原文献 Ietswaart R, Gyori BM, Bachman JA, Sorger PK, Churchman LS (2021) Genewalk identifies relevant gene functions for a biological context using network representation learning. Genome Biology 22: 55.

GeneWalk分析结果示例

我司特色GeneWalk分析结果提供网页版(html)、表格、图片、PDF等多种形式文件,方便不同角度查看查证结果,及后期文献发表。以下是典型图谱的示例:

* 调节基因:

对输入的差异基因列表的基因作图,每个点代表一个基因,横坐标为该基因与输入差异基因列表中有互作的基因个数,纵坐标与颜色代表该基因富集的GO Term 与总GO Term 的比值,点大小代表该基因富集的GO Term 个数,点击网页版图谱每个点可显示该基因具体坐标参数及注释。该图右上角的基因,为最重要的那些调节基因。

* 月光基因(多功能基因):

横坐标为该基因的GO Term 个数,纵坐标与颜色代表该基因富集的GO Term 与总GO Term 的比值,点大小代表该基因与输入的差异基因列表中有互作的基因个数,点击网页版图谱每个点可显示该基因具体坐标参数及注释。该图右下角的基因,为最重要的那些月光基因,既是身兼多职的多功能基因,而这次富集的相关功能占比很小,功能相对明晰。

* 基因功能条状图:

对输入分析的差异基因列表中的每个基因,也会提供基因功能条状图,方便查看具体的功能。


红线是软件默认的 P 值阈值:0.1

此外,我司还会提供分析使用的基因互作信息和功能注释表格,如果对某个特定的互作关系感兴趣,可以查阅详细的数据库记录来获取证据的来源与可信度。

欢迎广大研究者体验我司特色GeneWalk生信分析服务!(适用于转录组,包括常规RNA-seq及芯片数据及空间转录组测序数据)

欢迎与我司合作进行空间转录组实验特色技术服务!

特色技术服务

基因集团上海贝晶生物技术有限公司(简称贝晶生物)作为Visium空间转录组方案厂家认证的中国服务商,十多年来一直致力于转录组服务及相关数据分析,为未来深度挖掘多组学空间结构信息打下坚实基础,服务用户发了很多高质量的论文,不乏在署名作者以及致谢中提及我司及生信人员的例子。

贝晶生物空间转录组生信分析,在秉承官方的数据分析基础上超越与拓展更多的分析包含在基础套餐中提供给用户:

1. 基于整体转录组的聚类(优化聚类算法)
2. 基于基因水平的聚类特色分析(共表达分析 )
3. 基于空间信息的差异基因检出特色分析

如果您从事肿瘤、免疫、发育生物学、神经科学、病理学等方面研究,想更全面了解Visium空间转录组,请您联系身边的基因人索取空间转录组服务手册及相关文献。

完善的实验平台——官方推荐认可的仪器设备及试剂
优秀的技术团队——资深实验团队以及具备自主研发软件的生信团队
一站式的服务——提供从质控,组织切片、染色、透化、文库构建、测序到数据分析以及结果可视化的全程服务

Let Professionals Serve Professionals!

基因有限公司/上海贝晶生物技术公司 邮箱:
order@genecompany.com(基因)
info@baygene.com(贝晶)

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 仪器云展台 | 免费试用 | 今日视角 | 新技术专栏 | 技术讲座 | 技术期刊 | 会展中心 | 中国科学人 | 正牌代理商

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号