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我学者开发精确的CRISPR注释程序
生物通报道：CRISPR系统对于原核生物免疫系统对抗入侵元素发挥关键的作用，也被设计成促进真核生物基因组的靶向基因编辑。近期，来自中科院深圳先进技术研究院、湖北工业大学和吉林大学等处的研究人员，在《Scientific Reports》发表一项研究，提出了一种精确的从头CRISPR注释程序——CRISPRdigger，可以将一部分组装的基因组作为其输入。点击阅读更多CRISPR生物信息学研究：刘小乐教授发布CRISPR研究新工具；快速标识CRISPR系统PAMs的新工具；刘小乐教授：CRISPR高通量筛选的新算法。这项研究的通讯作者是吉林大学计算机科学与技术学院的周丰丰教授，其2000年本科毕
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Nature Methods连发两篇CRISPR文章，深圳大学成果备受关注
生物通报道：九月五日Nature Methods杂志同时发表了两篇精彩的CRISPR研究论文。其中，深圳大学第一附属医院深圳市第二人民医院开发的CRISPR“信号传导器”特别引人注目。Directing cellular information flow via CRISPR signal conductors真核细胞的复杂表型受到决策回路和信号通路的控制。深圳大学的研究人员给sgRNA带上能识别特定信号的改良版核糖开关，构建了基于CRISPR–Cas9的“信号传导器”。这种“信号传导器”可以根据外界或内部信号调控内源基因的转录，实现对细胞信号通路和复杂分子网络的定向控制。据介绍，CRISPR
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CRISPR先驱Nature子刊揭示重要机制
生物通报道：CRISPR是规律成簇的间隔短回文重复（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）的缩写。CRISPR与内切酶Cas是一对好基友，细菌依靠它们组成的防御系统对抗外来侵略者。CRISPR-Cas能够在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统发展成了强大的基因组编辑工具。该系统使用简单而且扩展性强，很快便成为了生物学领域最耀眼的明星。在细菌的CRISPR-Cas适应性免疫系统中，Cas1-Cas2蛋白复合体会捕获30–40bp的外源DNA，将它们整合到CR
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深圳80后医学博士提出新方法让癌细胞改邪归正
深圳晚报讯 （记者 刘菲菲 通讯员 帅斐菲） 9月5日记者获悉，国际顶级方法学期刊《自然·方法学》（Nature Methods）以长文（Article）形式在线发表题为《利用CRISPR信号传导器指引细胞信息流》（Directing cellular information flow via CRISPR signal conductors）的研究论文，报道了市二医院泌尿外科“80后”医学博士刘宇辰、黄卫人等原创发明的一种基于CRISPR技术、调控细胞内信号流动方向的新工具。据悉，该工具可对肿瘤细胞的多种“恶性”行为进行有效干预，有望将癌细胞逆转为正常细胞，或应用于精准杀灭肿瘤细胞，从而开启
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广医三院孙筱放、唐道林教授连发多项成果
生物通报道：广州医科大学博士生导师、广州妇产科研究所副所长、广东省产科重大疾病重点实验室主任孙筱放教授，长期从事干细胞基础研究和遗传病的精准医学研究。自2014年唐道林教授从美国匹兹堡大学引入广州医科大学之后，开始与孙筱放教授团队深入合作，主要从事损伤相关模式分子与细胞死亡分子机制的研究。双方紧跟国际前沿，深入研究了铁死亡的调控机制，先后多次在高影响因子的国际一流期刊上发表自噬和铁死亡研究的系列成果。近期就有一系列研究成果发表在《Hepatology》、《Autophagy》、《Scientific Reports》和《Journal of Biological Chemistry》等国际学术
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首份CRISPR基因编辑的蔬菜大餐 你敢吃吗？
生物通报道：在2014年8月13日，发表在Cell子刊《Trends in Biotechnology》的一项研究称，基因组精确编辑技术的最新研究进展，增加了这样一种可能性：不需要引入外源基因，就可以对水果和其他作物进行遗传改良。相关阅读：Cell子刊：基因编辑水果即将来临？。以快捷、简易且经济而著称的CRISPR技术，正在农业界引爆一场变革——多家公司已开始争相种植基因编辑作物，以期这些农作物最终能够进入市场。相关阅读：基因编辑食品，你敢吃吗？。最近，通过“基因剪刀”CRISPR-Cas9修饰的转基因蔬菜已经收获并被烹饪，这可能是有史以来第一顿用基因编辑蔬菜烹制的大餐。瑞典于默奥大学（Ume
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中大黄军就、松阳洲教授连发重要成果
生物通报道：近期，中山大学生命科学学院的黄军就和松阳洲（Zhou Songyang）教授带领的两项学术成果，接连发表在Nature子刊《Scientific Reports》杂志。在过去的十多年，松阳洲教授在分子细胞学领域的研究中做出了独创性的贡献。他对人体细胞端粒调节机理和胚胎干细胞的蛋白组学和功能性的研究处于国内外相关领域的前沿。“80后”的黄军就教授是位年轻的学者，2015年4月，他带领的研究小组，完成了第一次在人类胚胎进行的基因修改实验，他们利用CRISPR/Cas9基因编辑技术改造了导致一种潜在致命血液疾病——β-地中海贫血的基因（Nature：中国科学家用CRISPR/Cas9改造
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2016国家自然科学基金：基因组编辑技术
生物通报道：来自国家自然科学基金委员会的消息，8月17日国家自然科学基金委员会公布了2016年国家自然科学基金申请项目评审结果，其中面上项目16934项、重点项目612项、创新研究群体项目38项、优秀青年科学基金项目400项、青年科学基金项目16112项、地区科学基金项目2872项、海外及港澳学者合作研究基金项目135项、重点国际（地区）合作研究项目105项、国家重大科研仪器研制项目（自由申请）85项、部分联合基金项目（NSAF联合基金、天文联合基金和钢铁联合研究基金）116项，合计37409项。基因组编辑是现代分子生物学研究的重要课题，这几年发展的势头很猛，回顾和评论几乎都要赶不上它的发展速
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CRISPR先驱Cell子刊发表新成果
生物通报道：细菌利用CRISPR RNA（crRNAs）指导的监视复合体，来靶定要破坏的外源核酸。虽然大多数I型和III型CRISPR系统需要四个或更多的不同蛋白质，才能形成多亚基的监视复合体，但是，I-C型系统只使用三个蛋白质来实现crRNA成熟和双链DNA的靶标识别。9月1日，Cell子刊《Molecular Cell》在线发表的一项研究中，加州大学伯克利分校的研究团队表明，上述每个蛋白质都发挥着多重的功能和结构作用：Cas5c切割pre-crRNAs并招募Cas7定位RNA向导，以用于经由Cas8c的DNA结合和解旋。研究人员采用冷冻电子显微镜技术，获得了Cascade/I-C 监视复合
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清华大学高冠军课题组Genome Research揭示大量基因组“暗物质”功能证据
传统研究认为，人类所有的生命活动是由约2~3万个蛋白质编码基因所支配（约占2%人类基因组）。超过95%的人类基因组并不编码蛋白质基因，而是构成了生命“暗物质”——非编码RNA。这些数目庞大的非编码RNA由于既不编码蛋白质，又缺乏生物学功能的遗传学证据，一直被很多科学家认为是真核生物基因组进化中“垃圾”信息。2016年9月1日，清华大学生命科学学院高冠军实验室在国际著名期刊《Genome Research》正式刊发题为《长非编码RNA在果蝇精子发生中的重要作用》（Critical roles of long noncoding RNAs in Drosophila spermatogenesis
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CRISPR让致命疾病“弃恶从善”
生物通报道：肝脏疾病酪氨酸血症I型，是一种严重的疾病，医生通常使用药物治疗。然而，这种治疗是终身的，并且仍然存在肝癌的残留风险，通常是通过原位肝移植治疗。现在，美国贝勒医学院的研究人员在小鼠身上进行的研究显示，通过删除一个疾病相关的基因，他们可以把曾经致命的疾病，转变成一种良性的形式。相关研究结果发表在8月30日的《Nature Communications》杂志。贝勒医学院细胞和基因治疗中心助理教授Karl Dimiter Bissig博士说：“代谢途径重新编程是一个新的概念。我们不是专注于引起疾病的基因，而是重点关注一个疾病相关的基因。简而言之，我们重写了代谢途径，这样，所需的正常过程就不
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CRISPR专利之争再起硝烟
生物通报道：当生物学界都在关注美国哈佛大学-麻省理工学院（MIT）Broad研究所和加州大学（UC）伯克利分校之间关于“谁将获得革命性基因编辑技术CRISPR的专利权”的战争时，另一起纠纷已在悄然酝酿。这一纠纷的核心是该领域的两位领军人物——Broad研究所的张锋和洛克菲勒大学的Luciano Marraffini，他们被推到一个陌生的境况中，涉及到一份秘密提交的专利申请、一支加重法律的团队和面对一种非常规情况的专利局。延伸阅读：张锋学生爆料其不应获得CRISPR专利；聚焦最新CRISPR专利，张锋独占6项；Science：张锋被控在CRISPR专利战中“使诈”；遗传学界大牛：张锋等三人并非C
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Cell：CRISPR/Cas9再获重要突破
生物通报道：Whitehead研究所的科学家们首次对顶复门（Apicomplexa）生物进行了全基因组筛选。这项重要的研究成果于九月二日发表在Cell杂志上。顶复门的单细胞寄生虫会引起疟疾、巴贝斯虫病、隐孢子虫病和弓形虫病，但我们对这些家伙还知之甚少。“我们一直没什么办法研究顶复门寄生虫所有基因的功能，”Whitehead研究所的Sebastian Lourido说。“现在我们找到了一个好方法。这种方法可以研究寄生虫的各种问题，从获取营养、应答免疫压力到遗传学互作，是相关领域的一次重要飞跃。”弓形虫（Toxoplasma gondii）是一种寄生在细胞内的病原体，可以感染包括人在内的几乎所有的
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武大、复旦等单位用CRISPR治疗遗传疾病
生物通报道：PRKAG2心脏综合征是由PRKAG2基因突变造成的常染色体显性遗传疾病，包括家族性心室预激、传导系统病变及心肌肥厚，患者往往会出现室性心动过速和进程性心力衰竭。PRKAG2心脏综合征很难治疗，需要进行心脏移植。武汉大学、中科院和复旦大学的研究人员建立了PRKAG2心脏综合征小鼠模型，并通过CRISPR/Cas9基因组编辑成功校正了小鼠的PRKAG2突变。这项研究于八月三十日发表在Cell Research杂志上，文章通讯作者是复旦大学附属中山医院的主任医师颜彦（Yan Yan）和武汉大学生命科学学院的宋保亮（Bao-Liang Song）教授。宋保亮原任职于中科院上海生命科学院生
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Cell Res：CRISPR/Cas9瞬时表达基因组编辑体系
基因组编辑技术是最新发展起来的植物基因功能研究及定向育种的重要手段。在植物中实现基因组编辑的常规方法是将序列特异性核酸酶（如CRISPR/Cas9）的编码DNA转化植物细胞，稳定表达进而实现对目的基因的定点编辑。这种情况下，CRISPR载体整合在植物染色体中，需通过后代分离获得不含CRISPR/Cas9 DNA的植株。由于此过程涉及转基因植物，因此生物安全性可能会受到一定的质疑；同时，CRISPR/Cas9 DNA的稳定表达会增加脱靶以及嵌合体发生的概率。此外，对于转化困难的植物基因型、物种和营养繁殖的植物，这种基于植物稳定遗传转化的基因组编辑技术路线就暴露其局限性。
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科学家用混合方法了解细胞动态与功能
与其他结构生物学家一样，Eva Nogales赶上了好时机。这位美国加州大学伯克利分校的教员现在可以利用新工具，解决几年前根本无法解答的细胞分子机制问题。最近，Nogales和同事、分子生物学家、CRISPR-Cas9的联合发明人Jennifer Doudna的合作项目正是个好例子。她们都对R环十分感兴趣。很多情况下，在DNA被CRISPR-Cas9剪切前，细胞内会形成一个由核苷酸构成的R环。Nogales等人对化脓性链球菌中的R环进行了成像，得到了近原子分辨率的结构图像，提示了Cas9酶在特定位点如何打开DNA，并使其可用于CRISPR的分子剪刀。这项工作最突出的是科学家能快速地将功能与结构
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冯国平、张锋Nature子刊发表综述文章
生物通报道：8月26日，《Nature Neuroscience》刊登了来自麻省理工学院（MIT）、MIT-哈佛大学Broad研究所、中科院上海生命科学研究院、剑桥大学、浙江大学和中科院深圳先进技术研究院等处的一篇综述文章，题为“Opportunities and challenges in modeling human brain disorders in transgenic primates”。 麻省理工学院大脑与认知科学系McGovern大脑研究所的冯国平教授是本文通讯作者。CRISPR研究先锋、MIT-哈佛大学Broad研究所的张锋博士、中科院上海生命科学研究院神经科学研究所研究员仇
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马涵慧博士再发CRISPR研究成果
生物通报道：最近在《Journal of Cell Biology》发表的一项研究中，美国麻省大学医学院的科学家，揭示了“CRISPR-Cas9机器在活细胞内如何运作”的重要新细节，对于开发使用强大基因编辑工具的治疗方法，具有重要的意义。本文通讯作者、生物化学与分子药理学教授Thoru Pederson博士说：“关于‘CRISPR-Cas9复合物如何在活细胞的基因组周围四处活动并发现其靶标’的细节，我们了解甚少。在这项研究中，我们了解到这台机器是如何工作的，这对于试图开发基因编辑工具用于实验室和临床的研究者来说，是非常重要的和有用的。”作为该细菌免疫系统（防止病毒入侵）的一个组件，CRISPR
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基因编辑成进化发育生物学领域“杀手级”技术
从1893年至今，几乎在每年的夏季，年轻的发育和进化生物学者都会涌向美国马萨诸塞州伍兹霍尔，钻研业内的技术。在该校全球有名的海洋生物学实验室中，参与其年度胚胎学课程的学生都会解剖海胆和栉水母，此外还会移植来自不同动物的细胞。但是过去3年，这些满腔热情的学徒开始学习一些新东西：基因编辑。精确而高效的CRISPR-Cas9基因编辑技术已经在生命科学实验室刮起一股风暴。现在，该技术正在席卷进化发育生物学界，这一领域的目标是探寻解释适应性进化的发育变化。科学家并非简单地推断是什么导致诸如鱼类如何演化出四肢等历史上的类似过渡，而是利用CRISPR技术直接验证这些假设。这种方法非常简便：剪切掉那些认为与鱼
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中科院明星学者发表CRISPR重要成果
生物通报道：CRISPR/Cas9是精确改写基因组的便捷工具。不过，在难转化的植物中进行CRISPR/Cas9基因组编辑在技术上还有一定的挑战，往往会产生令人担忧的转基因中间产物。中科院遗传与发育生物学研究所的科学家们解决了这个问题。八月二十五日他们在Nature Communications杂志上发表文章，向人们展示了无转基因的CRISPR/Cas9基因组编辑方法。文章通讯作者是中科院遗传与发育生物学研究所的高彩霞（Caixia Gao）研究员。CRISPR是规律成簇的间隔短回文重复（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repe
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