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  • 从芯片到RNA-seq的转型之路

    自二十世纪九十年代中期以来,芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。不过随着测序成本的直线下降,RNA测序(RNA-seq)成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。The Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡,希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期,最终实现华丽转身。 [2015-6-10]

  • 华大基因超级测序仪上市 挑战Illumina HiSeq系列

    作为全球最大的基因组研究机构,华大基因(BGI)也迎来了自己的测序仪。上周末,在欧洲人类遗传学会议上,华大基因展出了首款DNA测序仪。这款名为Revolocity™的超级测序仪,是基于华大基因子公司Complete Genomics开发的技术。 [2015-6-10]

  • 【新技能】“接力PCR”,仅一步完成靶标捕获和文库扩增

    Relay-PCR™技术的革命性创新在于,可以控制特异性引物(OmegaPrimer™)只在最初靶标捕获的两个循环中发挥作用,之后会自动切换到由通用引物引导的以相同效率进行的文库扩增,获得均一性非常高的文库(已有的实验数据表明,均一性超过97%)。 [2015-6-8]

  • 强强联手,有望将测序读长延伸至100 kb

    Pacific Biosciences这两年一直在努力证明自己的与众不同,它的RS II测序仪能从头组装人类基因组,而不使用现有的参考基因组作为模板。这个过程被称为从头组装(de novo assembly),比定位到参考基因组更加困难,也更加昂贵,不过它也带来了复杂变异的重要信息。 [2015-6-4]

  • 【新技能】Omega引物提升特异性超过26,000倍,你想到了吗?

    由于形似Ω,我们称它为OmegaPrimer。Omega primer是由3个功能区段组成:3p臂( 3p arm)是聚合酶延伸反应的启动子;5p臂(5p arm)是结合DNA模板序列的锚;分隔两臂的环(loop)。这么“怪”的引物有什么与众不同吗?因为这样的设计从根本上优于传统的引物,不信,你往下看…… [2015-6-4]

  • 瓶中基因组计划与测序参考材料

    如今,测序人员有了一个重要的新工具来了解他们的仪器和检测表现如何,那就是美国国家标准与技术研究所(NIST)指定为“参考材料”的DNA样本。这个DNA样本最初由一位犹他州的妇女在1980年捐献,被认为是世界上研究最透彻的二倍体人类基因组。 [2015-5-25]

  • 沉迷大数据,NGS挑战重重[心得点评]

    在这个时代,各行各业都对大数据痴迷,基因组学也不例外。也许,这源于一种与生俱来的需求,我们渴望了解遗传组成如何控制人类生活的方方面面。近日,Jeffrey S. Buguliskis博士在GEN网站上讨论了大数据带来的挑战。 [2015-5-22]

  • 靶向测序:表达谱分析的新选择

    靶向测序让研究人员能够最大限度利用他们的测序运行,将精力集中在那些感兴趣的序列上。例如,Moreno正在测试一种109个基因的集合,其中包括他之前鉴定出的24个基因。为了获得那些数据,Moreno利用Cellular Research的Precise Molecular Indexing分析,来捕获样本中的目标序列。 [2015-5-22]

  • Oxford Nanopore这次又发布了什么?

    近日,Oxford Nanopore公司在伦敦举行了London Calling用户会议,发布了一些新产品。其中,最受期待的还是首席技术官Clive Brown的报告。当然,他也没让大家失望。与会者称这次发布会是“改变游戏规则的”,形容当时的气氛就像2007年苹果发布iPhone一样。这会不会有些夸张?让我们来看这次会议的一些亮点。 [2015-5-18]

  • 遗传病家系的高通量测序:您需要了解的一些事

    高通量测序技术的出现与普及,为遗传病的研究带来了前所未有的机会。它提高了遗传病致病基因克隆和鉴定的效率,使人类对自身基因功能的认识大大加速。本文对遗传病家系的高通量测序分析提出一些注意事项,希望有助于相关的研究。 [2015-5-6]

  • 癌症研究中的数据挖掘工具[选购宝典]

    对于癌症研究人员而言,采集数据仅仅是个开始;找到引起或促进疾病的基因才是“压力山大”。关键的挑战在于找出特定的突变,它们引发正常细胞癌变。此时此刻,大多数的癌症驱动突变都隐藏在遗传信息的海洋之中。如何大海捞针?这些新的计算和生物信息学工具也许能帮助你。 [2015-4-30]

  • 如何理解PacBio的准确度?

    第三代测序中的PacBio单分子实时(Single Molecule Real-Time, SMRT)DNA测序可以实现超过99.999%(QV50)的高度精确测序,且不受DNA序列中GC和AT含量的影响,平均读长可达10-15kb(最长>40kb),这是如何实现的呢?这是因为SMRT技术在与DNA测序精确度相关的三个方面均有独到之处…… [2015-4-29]

  • 华大基因发布基因组数据分析云计算平台BGI Online

    2015年4月20日,全球最大的基因组学研发机构华大基因在全球发布一款强大且具高安全性的基因组数据分析云计算平台服务产品 -- BGI Online。BGI Online为新一代测序项目的管理提供一站式解决方案,让用户可以轻松创建和运行复杂的数据分析流程。 [2015-4-21]

  • 追赶微生物组的热潮,你准备好了吗?(下)[创新技巧]

    有了新型的测序仪,人们开始着手研究健康的人体中生活着哪些类型的微生物。当然,同样是健康的人,你和我的微生物群落就大不相同,就算同一个人,不同部位的微生物也大相径庭。这种差异性使得人们难以描述“正常的”微生物组。于是,研究人员从数百名个体中采样,提取信息。他们关注各个部位,包括口腔、皮肤、鼻腔、肠道,以及泌尿生殖道。 [2015-4-3]

  • 追赶微生物组的热潮,你准备好了吗?(上)[创新技巧]

    有了新型的测序仪,人们开始着手研究健康的人体中生活着哪些类型的微生物。当然,同样是健康的人,你和我的微生物群落就大不相同,就算同一个人,不同部位的微生物也大相径庭。这种差异性使得人们难以描述“正常的”微生物组。于是,研究人员从数百名个体中采样,提取信息。他们关注各个部位,包括口腔、皮肤、鼻腔、肠道,以及泌尿生殖道。 [2015-4-2]

  • 赛默飞发布Ion Torrent技术更新和新产品预览

    赛默飞世尔科技于上周在佛洛里达州马可岛举办的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了Ion Torrent测序技术的最新进展情况,充分展示赛默飞在研发新一代测序业务上的努力和成果,从而进一步表明其致力于将新技术应用于临床研究的决心。 [2015-3-19]

  • 三篇文章介绍RNA-Seq数据分析的新工具[新品推荐]

    新年伊始,RNA-Seq的数据分析方法就如雨后春笋般涌现。在最近的一个月内,三篇介绍RNA-Seq数据分析新方法的文章发表在Nature集团旗下的刊物上,其中一篇发表在《Nature Methods》上,另外两篇都发表在《Nature Biotechnology》上。 [2015-3-17]

  • Illumina推出HLA分型的新模式[创新技巧]

    人类白细胞抗原(HLA)区域为各种疾病和状况提供了重要的见解。不幸的是,由于此区域的高度多态性,HLA分型存在不小的挑战。近日,Illumina公司宣布推出TruSight HLA,这个方案通过测序11个HLA基因而全面查看HLA区域,带来准确的HLA分型。 [2015-3-16]

  • 新一代测序2015更新:小鲜肉与大叔(下)

    小鲜肉常有,而大叔不常有。经过岁月的洗礼,大叔褪去了小鲜肉的稚嫩与青涩,愈发成熟,更显魅力。Illumina、Pacific Biosystems便是这样的帅大叔。他们上市多年,在市场上占据一定的地位,应用也日趋广泛。 [2015-3-11]

  • 新一代测序2015更新:小鲜肉与大叔(上)

    从2005年454公司首推新一代测序仪以来,转眼已是十年光阴。在这十年间,许多新平台问世,有的昙花一现,有的则从小鲜肉变成了帅大叔。当然,这是一个小鲜肉辈出的时代。新的平台仍在不断上市,带来进步,带来希望。 [2015-3-10]


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