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  • 癌症研究概览7:癌症生物学

    大规模并行测序的出现为我们带来了一个前所未有的工具,让我们有望解开癌症的病因和机制。对整个基因组测序是发现癌症中所有变异的终极方法。假如覆盖度足够深,研究人员可以确定没有突变会被漏掉,而且宝贵的样品也无需在未来重新测序。全基因组测序的数据还能与ChIP-Seq测序数据相整合,大大扩展分析范围。 [2014/12/19]

  • 癌症研究概览6:预后和对治疗的反应

    理想的癌症治疗是只靶定肿瘤的特殊分子机制且患者耐受性良好的方案。相同的临床表现可能代表了一些不同的分子机制,且患者对癌症疗法的耐受性相差很大。随着癌症的发展,它积累了大量的体细胞突变和基因组重排,导致耐药性或转移的风险提高,这将大大影响患者的预后。 [2014/12/18]

  • DNA SMART技术让ChIP Seq研究更轻松

    大部分ChIP测序文库的制备需要测序接头连接,但是这些制备方法的起始材料仅限于双链DNA。DNA SMART ChIP-Seq Kit提供了一种强大、可靠的DNA ChIP-seq方法,尤其适用于低起始量材料(100 pg–10 ng),整个文库制备过程只需4小时,不仅适用于dsDNA也适用于ssDNA,是DNA CHIP-Seq的理想选择。 [2014/12/9]

  • 癌症研究概览5:靶向重测序

    靶向重测序依据先前已得到的知识聚焦有限的一组基因-癌症相关基因,因此结果相对而言容易解释且更具操作性。包含适当基因的分析试剂盒可用于不同类型癌症,并简化了实验室操作和数据解释。未来更大规模的研究可以展示这一方法具有根据疾病发展、遗传图谱分析、环境影响或其他因素来对患者进行划分的潜质。迄今为止的研究表明,这种方法极有潜力成为一种诊断工具。 [2014/12/8]

  • NextSeq 500 测序系统:高通量的规模,桌面式的简约

    NextSeq 500 系统可将高通量测序应用变为全世界实验室的日常工具。结合最先进的SBS 测序试剂,灵活的NextSeq 500 系统便捷的触摸屏操作和流畅的样本到结果实验流程,可帮助研究者在不到一天的时间内完成最热门的高通量测序应用。 [2014/12/5]

  • 癌症研究概览4:全基因组测序

    肿瘤细胞和正常细胞配对进行全基因组测序可以完整得到关于肿瘤中存在的所有独特突变的信息。目前,全基因组测序正变得越来越便宜和快捷,它已成为无预定假设的研究发现的极佳选择。 [2014/12/5]

  • Fluidigm推出高通量的单细胞mRNA测序流程

    Fluidigm公司近日在美国神经科学学会的会议上宣布推出一个新流程,能实现高通量的单细胞mRNA测序。这个流程综合了集成流体通路(IFC)设计的显著进步,可大规模提高通量和易用性,同时降低单细胞制备的成本。据介绍,商业化的产品有望在2015年上半年推出。 [2014/11/25]

  • 新一代测序,今年又有啥变化[新品推荐]

    花开花落,又是一年,是时候盘点一下新一代测序领域的新变化了。自今年2月份以来,测序仪并没有太大的变化,但也不是说一切都是老样子。新的样品制备仪器正揭开面纱,而测序读长更是逆了天。 [2014/11/24]

  • 癌症研究概览3:测序方法比较

    从长远来看,随着我们对基因组的了解日益加深,且处理和解释海量数据能力的改善,全基因组测序无疑是最好的方法。在不远的将来,靶向基因测序可帮助患者在市场上选择适合的成品药物,让他们立即受益。 [2014/11/19]

  • 癌症研究概览2:风险预测

    关于癌症生物标志物的发现已发表了很多文章。随着新一代测序的出现,新发现的生物标志物数量会呈现爆炸式增长。国际相关联盟正在收集更为全面的标志物与癌症突变列表,如癌症基因组图谱(TCGA)、国际癌症基因组联盟(ICGC) 和癌症体细胞突变目录(COSMIC)。 [2014/11/18]

  • QIAGEN和Illumina NGS产品的使用体会[心得点评]

    据GenomeWeb报道,美国分子病理学会(AMP)在其年会之前,举办了一个“公司研讨会日”的活动,让临床研究人员能够就一些最近推出或开发中的分子诊断产品分享用户体会和早期数据。 [2014/11/17]

  • 癌症研究概览1:简介

    近年来,新一代测序技术已日渐成为癌症研究中的宝贵工具。它能够以单碱基分辨率分析基因组畸变,也能在相同的设备上测定表达水平、剪接变异体、非编码RNA、DNA甲基化以及蛋白与核酸的相互作用。所有这些信息综合起来,第一次为我们呈现了肿瘤分子生物学的全景视图。本专题精选了近期发表的一些论文,它们代表了Illumina技术在癌症研究各个领域中的成功应用。 [2014/11/17]

  • 新一代测序开辟法医鉴定的新时代[创新技巧]

    小说家笔下的福尔摩斯足智多谋,仅凭蛛丝马迹就能破案。然而,面对如今的高科技犯罪,即使是福尔摩斯也未必能解开疑团。这时,我们需要创新的技术和工具。新一代测序(NGS)就是其中的一种。《哥伦布电讯报》近日报道了新一代测序在刑侦中的应用。 [2014/11/6]

  • 供体源性感染黄金审判:PacBio助力感染菌株基因组重测序

    2014年10月8号,Genomeweb对Arew Kasarskis博士就测序平台在检测供体源性感染的作用进行了探讨。根据最新的两起病例报道,全基因组测序(WGS)在这方面起到了非常重要的作用,让医生明白从已感染的供体移植器官是一件多么危险的事情。 [2014/11/6]

  • PacBio第三代测序开启Medical Grade Human Genome时代

    由Macrogen和首尔国立大学发起的高品质亚洲人类参考基因项目有望作为该机构众多测序项目之中的核心,最终预计将产生1万多个亚洲人基因组序列。该计划准备采用美国Pacific Biosciences公司的PacBio RSII单分子实时(Single-Molecule Real-Time, SMRT)测序系统产生的序列来进行从头基因组组装(de novo genome assembly)。 [2014/11/6]

  • 突破性进展:如何追踪抗生素耐药细菌抗性基因的来源?

    从任何细菌中获得抗抑菌剂基因都可以很容易地做到,但是如何将这些质粒中的序列完整地组装起来是最大的困难,而组装完整的质粒序列对于我们在临床上理解这些基因是如何传播的非常关键。作为比较, PacBio长读长测序可以使我们获得完整的细菌质粒图谱,包括数量、位置及抗抑菌剂基因的移动因子等具体信息。 [2014/11/5]

  • Oxford Nanopore发布新产品PromethION

    Oxford Nanopore似乎与ASHG(美国人类遗传学协会的年会)有着不解之缘。在ASHG 2012上,Oxford Nanopore展示了MinION的真机。在ASHG 2013上,它又宣布启动MinION的早期试用计划。而在今年的ASHG上,Oxford Nanopore揭开了其新产品PromethION的神秘面纱,并宣布了测序仪的一些更新。 [2014/10/28]

  • 金秋十月,重磅来袭,PacBio第三代测序仪读长再度升级

    目前市面上唯一的第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬再度升级了测序聚合酶和化学染料(P6-C4),PacBio的新试剂旨在进一步增加其原本就傲视群雄的序列读取长度,这无疑是测序届爆发的又一磅重弹,长读长对于测序后序列拼装的巨大意义大家都十分清楚了。下面让我们来看看新试剂的表现如何。 [2014/10/21]

  • PacBio RS II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]

    PacBio RS II测序系统一经推出,其长度长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇,尤其是在HLA检测分型领域,国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发,推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。 [2014/10/17]

  • 靶向捕获让ctDNA无处遁形 [创新技巧]

    近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中,研究人员介绍了一种全新的ctDNA检测技术:癌症个体化深度测序分析方法(CAPP-Seq)。该方法利用定制化的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library作为”筛选器”(selector)对样本进行靶向捕获后再进行深度测序,其对非小细胞肺癌(NSCLC)的ctDNA检测结果灵敏度高,特异性强且经济可行。 [2014/10/13]


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