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  • 研究无参基因组物种的利器——SSR分子标记

    分子标记(Molecular Markers)目前广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。然而,传统的分子标记法成本高、耗时长、效率低,在高通量测序的时代,这些缺点尤其突出。为此,上海派森诺生物科技有限公司基于Roche 454 FLX+ 平台,推出了新型的SSR分子标记法。 [2014/10/10]

  • 别让你的reads再做布朗运动了[创新技巧]

    对于SEQC项目暴露出的RNA-Seq的局限我们并非束手无策,利用靶向RNA-seq能完美的解决以上困扰。对感兴趣的目的基因相关RNA进行靶向捕获后再测序,能够极大的增加测序覆盖度,由此大大提高基因检测的灵敏度、定量能力以及对于微量表达的转录本的拼接能力。 [2014/9/23]

  • 基因组学大牛谈长读取测序[心得点评]

    Mendelspod网站近日发布了一个“Long Read测序的崛起(The Rise of Long Read Sequencing)”的系列访谈。主持人Theral Timpson就long-read测序采访了基因组学领域的一些大牛。第一位受访者是斯坦福大学的Mike Snyder。 [2014/9/16]

  • Life Tech推出新的转录组分析方案[新品推荐]

    Ion AmpliSeq转录组方案(Ion AmpliSeq Transcriptome Solution)能够从仅仅10 ng RNA中产生基因表达谱,并与FFPE样本兼容。这对于肿瘤和转化研究人员而言十分关键。目前的基因表达分析方法需要较多的起始材料,如芯片需要50 ng RNA,而转录组测序需要100 ng,也不一定能与FFPE样本兼容。 [2014/9/12]

  • Oxford Nanopore论文发表引发舌战[心得点评]

    与前两年新一代测序仪的疯狂升级相比,这个夏天显得格外平静,唯一的大事件就是Oxford Nanopore的MinION试用计划。4月份,MinION陆续到达申请者的手中。之后,整个夏天便弥漫着测序结果的传闻,到了9月,我们终于听到了一些真实的声音。 [2014/9/10]

  • 纳米孔测序仪用户首谈使用体会[心得点评]

    最近有一位用户介绍了MinION的测序数据。这还是第一次,之前在AGBT 2014上,Oxford Nanopore公布了MinION的测序数据,但并非用户生成的。在刚刚结束的英国基因组科学大会(UKGS2014)上,伯明翰大学的Nick Loman作为早期试用者之一,介绍了使用MinION的体会。 [2014/9/5]

  • 测序超级细菌 希望与困难同在

    全基因组测序有望阻止,至少是扼制,传染病在医院的爆发,但它目前仍不是标准程序。Lauren Ware在BioTechniques上深入探讨了测序疾病爆发的好处和障碍。 [2014/8/28]

  • 走向云端的高通量测序——数据分析与瓶颈

    尽管你可能对它还不熟悉,但云计算可以很好的为中小型实验室服务,为他们解决高通量测序的数据分析难题。为此,Nathan Blow博士在Biotechniques上撰文对这一技术进行了详细的介绍。 [2014/8/11]

  • 走向云端的高通量测序

    尽管你可能对它还不熟悉,但云计算可以很好的为中小型实验室服务,为他们解决高通量测序的数据分析难题。为此,Nathan Blow博士在Biotechniques上撰文对这一技术进行了详细的介绍。 [2014/8/8]

  • MiSeqDx系统获科学家精选大奖

    SelectScience近日宣布,2013年度科学家精选之最佳临床实验室新产品大奖(Scientists’ Choice Award for Best New Clinical Laboratory Product)的得主是Illumina的MiSeqDx系统。这一奖项在最近召开的AACC大会上颁给了Illumina的市场情报主管Tony Salerno。 [2014/8/7]

  • 自动化NGS文库制备的4点建议[心得点评]

    随着测序费用的下降,新一代测序(NGS)文库制备的费用已占了实验室测序经费的很大一部分。如今,在许多实验中,文库制备的费用几乎与测序相当。同时,制备文库也要花费相当多的精力。若是将这一过程自动化,不仅能够减少样品之间的可变性,而且能让此过程自动运行,无需人工干预。 [2014/7/28]

  • QIAGEN新推14种基因靶向富集产品[新品推荐]

    QIAGEN的新一代测序(NGS)产品家族又添新成员了。近日,QIAGEN公司宣布推出14种新的GeneRead™ DNAseq V2 gene panels,靶定广泛的癌症相关基因或区域。这些产品被用在测序运行之前,以富集感兴趣的基因。它们也可以定制,包括临床相关的其他基因或区域,并与任何NGS测序仪兼容。 [2014/7/22]

  • 新一代测序新面临的六大挑战

    当年,Solexa品牌还在的时候,MassGenomics的Dan Koboldt就提出了新一代测序(NGS)面临的一些挑战,包括生物信息学算法的问题,以及读长太短,工具太贵,经验太少。如今,这些问题中的大部分都已解决。不过,别高兴得太早。Koboldt认为,我们面临更新、更难的挑战。 [2014/7/15]

  • 福利贴 Illumina测序方法汇总[创新技巧]

    在高通量测序中,Illumina的测序仪一直是重要的工具。然而,人们渐渐发现,标准的操作步骤已不能满足他们的特定需求。于是,研究人员不断开发出新的NGS样品制备方法,以解决新的挑战。为此,Illumina编辑了一份小册子,收录了近年来发表的各种Illumina测序应用。 [2014/6/26]

  • QIAGEN推出3款NGS样品制备新产品[新品推荐]

    自QIAGEN宣布要推出新一代测序仪以来,大家都在翘首盼望这台新仪器的上市。年初,QIAGEN表示将在今年推出GeneReader测序仪,不过,5月份他们又改口了,说要延迟到2015年推出。唉,我们等到花儿也谢了。但是,GeneReader虽没来,NGS样品制备方面的新产品却在不断上市。 [2014/6/23]

  • 如何确定新突变是否是体细胞突变[创新技巧]

    在研究DNA样品中的突变时,确定新的序列变化到底是体细胞突变,还是生殖细胞系的多态性,这似乎是件挺困难的事。最近,西班牙纳瓦拉大学(University of Navarra)的研究人员介绍了一种非常简单的方法,可在没有配对组织样品时鉴定DNA样品中的体细胞突变。 [2014/6/16]

  • 利用NimbleGen序列捕获技术实现定向RNA-Seq[创新技巧]

    最近在Nature Protocols杂志上在线发表的一篇文章介绍了利用NimbleGen序列捕获技术进行转录组定向测序,用于RNA研究中基因发现和表达定量。 [2014/6/5]

  • 对付无法培养的微生物 宏基因组学研究策略[创新技巧]

    与大肠杆菌不同,绝大多数微生物不能在琼脂板或液体培养基中培养,这使得科学家无法研究它们的生物学、生物化学以及对生态、健康和疾病的贡献。Schloss和Handelsman将无法培养微生物的问题比喻成希腊神话中的戈尔迪之结,并提出了两个基本的解决方案。一是要弄清楚如何培养这些无法培养的东西。二是用利剑斩断这个结,这种策略被称为宏基因组学。 [2014/5/29]

  • 强大的NGS分析软件CLC Genomics Workbench[新品推荐]

    随着新一代测序(NGS)技术的发展,测序仪的通量不断提高,使得测序成本持续下降。这当然是大家喜闻乐见的。然而,海量数据的产生,也为数据分析带来了不小的挑战。好在强大的NGS分析软件不断出现,能帮助研究人员应对这一挑战。今天,我们就给大家介绍一款深受欢迎的软件CLC Genomics Workbench。 [2014/5/28]

  • Illumina推出HiSeq v4试剂,产量高达1 Tb[新品推荐]

    生物通报道 Illumina公司近日发布了新的HiSeq v4试剂,能够比现有的v3试剂带来更高的产量,同时显著减少运行时间。有了v4试剂,HiSeq 2500每次运行能产生40亿个reads和1 Tb的数据总输出量。这种新的能力让研究人员以无与伦比的规模开展基因组、外显子组和转录组分析。 [2014/5/21]


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