课程内容安排:
| 具体内容 |
第一部分
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常用生物数据及数据库介绍 |
NCBI
UCSC
ENSEMBL
EBI/SWISSPROT Kegg
Rice/Silkworm |
| Unix/Linux操作系统介绍 |
Unix/Linux基础知识及常用命令 |
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| 第二部分 |
数据的基本处理及序列的组装 |
(1) Sanger法测序及新的测序技术介绍
(2) 数据的基本处理
峰图转换(phred,phd2fasta)
载体屏蔽(crossmatch)
聚类拼接(phrap\cap3\consed\Reps)
补洞/引物设计:Primer3 |
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| 第三部分 |
序列的比对 |
(1) 全局比对
Clustalw,Muscle,Hmmer
(2) 局部比对
Blast,Blat,Sim4,Genewise |
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| 第四部分 |
基因组/基因注释分析 |
(1) 重复序列分析
RepeatMasker,TRF
(2) RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
(3) 基因预测
原核:Glimmer
真核:Genescan,Fgenesh,BGF
(4) 基因功能注释
NT,NR,SwissProt,Kegg,COG
Interpro&GO
(5) 启动子及motif 预测
PromoterScan
Meme/Mast |
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| 第五部分 |
SNP多态性分析 |
Polyphred |
| 分子进化分析 |
Phylip,PAML,FGF,KaKs_calculator |
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| 第六部分 |
表达序列标签(EST)分析 |
(1) EST数据的基本处理
(2) 差异表达分析
(3) 功能注释及分类 |
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| 第七部分 |
生物芯片(Microarray)数据分析 |
芯片数据分析
Oligo设计 |
| 蛋白质结构预测分析 |
信号肽分析
跨膜区结构预测
Domain预测
二级/三级结构预测 |
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| 第八部分 |
新的测序技术及其应用 |
新的测序技术及其应用 |
| 结业典礼 |
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