基于新一代测序技术的全基因组表达谱分析方法，可以对任何物种在全基因组范围内进行精确的数字化基因表达定量分析；加上前期好的实验设计，可以通过样本间基因表达差异比较，准确鉴定与特殊性状相关的候选基因；进一步通过生物信息学方法和后续实验对候选基因进行功能分析和验证，将有助于在疾病、功能基因组、转录组、育种等研究领域取得重要的科学发现，发高质量的文章。（“表达谱方法详细介绍”详情见下）

 
  1. 凡是在2008年11月18日～2008年12月28日期间签订合同并付款的表达谱项目，都可以享受“测一赠一”的优惠，赠送的部分包括样品制备费用（5000元）和上机测序费用（28000元）。
  2. 由于准备样品需要时间，可以在活动结束后再寄送样品。
  3. 联系方式：
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基于新一代测序技术的全基因组表达谱分析方法介绍

一、技术路线
      该方法首先从每个mRNA的3’端酶切得到一段21bp的TAG片段（特异性标记该基因）；然后通过高通量测序，得到大量的TAG序列，不同的TAG序列的数量就代表了相应基因的表达量；通过生物信息学分析得到TAG代表的基因、基因表达水平、以及样品间基因表达差异等信息。技术路线如下：

  1、样品准备；
      a) 提供浓度≥300ng/ul、总量≥6ug、OD260/280为1.8~2.2的总RNA样品；
2、样品制备（见图1-1）：
      a) 类似SAGE技术，通过特异性酶切的方法从每个mRNA的3’末端得到一段21bp的特异性片段，用来
          标记该基因，称为TAG；
      b) 在TAG片段两端连接上用于测序的接头引物；
3、上机测序；
      a) 通过高通量测序每个样品可以得到至少250万条TAG序列；
4、 基本信息分析；
      a) 对原始数据进行基本处理，得到高质量的TAG序列；
      b) 通过统计每个TAG序列的数量，得到该TAG标记的基因的表达量；
      c) 对TAG进行注释，建立TAG和基因的对应关系；
      d) 基因在正义链和反义链上表达量间的关系
      e) 其它统计分析；
5、高级信息分析；
      a) 基因在样品间差异表达分析；
      b) 库容量饱和度分析；
      c) 其它分析；

图1-1 样品制备技术路线


二、测序优势
      利用高通量测序进行表达谱研究的优势很明显，具体如下：
  1. 数字化信号：直接测定每个基因的特异性表达标签序列，通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度。整体表达差异分布符合正态分布，不会因为不同批次实验引起不必要的误差。
  2. 可重复性高：不同批次的表达谱度量准确，能够更准确的进行表达差异分析。
  3. 高灵敏度：对于表达差异不大的基因能够灵敏的检测其表达差异；能够检测出低丰度的表达基因。
  4. 全基因组分析，高性价比：由于该技术不用事先设计探针，而是直接测序的方式，因此无需了解物种基因信息，可以直接对任何物种进行包括未知基因在内的全基因组表达谱分析，因此性价比很高。
  5. 高通量测序：已有数据表明，当测序通量达到200万个表达标签时，即可得到样本中接近全部表达基因的表达量数据，而目前每个样本分析可以得到300万~600万个表达标签。
  6. 无需重复实验。
  7. 可同时发现新的转录本、基因组表达调控区域等。
  8. 完整深入的生物信息学分析支持，更有助于进行重要的科学发现，发高质量的文章。

 

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