发现新病毒种属


SARS-CoV-2大流行的出现凸显了需要找出更好的方法来检测和监测新型病原体的必要性。Twist 全面病毒研究组合提供完整的靶向解决方案,使研究人员能够快速识别和鉴定各种样本类型中新型和高度演变的病毒。

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全面检测新型病毒种属

  1. • 超过 1M特定探针靶向 3,153 个病毒基因组
  2. • 捕获 ssDNA、dsDNA、dsRNA 和 ssRNA 病毒


新型变异探索

  1. • 详尽的研究组合设计涵盖人类和非人类病毒病原体
  2. • 长探针为新变异体发现提供高度错配容忍度


端到端病毒筛查解决方案

  1. • 可直接使用 One Codex 分析
• 快速生成数据报告和可随时发表的数据
 

检测新的和经过演变的病毒种属

Twist 全面病毒研究组合涵盖了 3,153 种病毒的参考序列,包括 15,488 株不同菌株。可检测到的病毒示例包括:

腺病毒
冠状病毒
疱疹病毒
甲型流感和乙型流感
诺如病毒
乳头瘤病毒
细小病毒
小核糖核酸病毒
痘病毒
逆转录病毒

弹状病毒

 



看数据



全面的新型病毒检测

采用 RefSeq、FluDB 和 VIPRdb 数据库的病毒基因组中的序列进行设计,以设计构成 Twist 全面病毒研究调查样本小组的 1,052,421 个特定探针。

 

该组合广泛涵盖每个病毒家族,其中至少包含一种已知会影响人类的病毒,包括腺病毒、冠状病毒、黄病毒、诺如病毒、流感病毒等。

除了靶向人感染病毒外,该组合还涵盖动物病毒(例如蝙蝠冠状病毒)。这有助于发现新型病毒物种,无论来源如何。

其绝对的广度允许 Twist 全面病毒研究组合可检测新型和演变的病毒株,包括与 2020 年 6 月在养猪工人中爆发的 H1N1 流感相关的毒株。

 


检测高差异的病毒序列

动物中的冠状病毒纤突和流感血凝素 (HA) 糖蛋白的自然选择促进了 SARS-CoV-2 和 H1N1 流感从动物向人类传播。

在这里,我们证明了可以通过 Twist 全面病毒研究组合成功地检测这些难以捕捉的序列,包括近期发现的冠状病毒(新加坡的 Robat-CoV GCCDC1)的纤突区域和从 2020 年 6 月在养猪工人中爆发的 H1N1 流感中分离出的 HA节段。

我们的研究组合使99.8%以上的区域达到了≥1X的覆盖深度。

 


新型病毒的富集

我们通过生成一系列 HA 节段来确定 Twist 全面病毒研究组合的错配灵敏度,以包含从野生型 HA 节段的 5% 到 30% 变异范围内定义的序列变异水平。

在最高 10% 序列变异性的样品中,达到 1x 覆盖率的总捕获。总之,这些数据表明,Twist 全面病毒研究组合可以捕获高度演变的病毒序列。

 


多重检测多种病毒

通过 Twist 全面病毒研究组合,可以对病毒进行多重检测,从而实现将宏基因组学应用于各种样本类型。

在一项共感染检测中,将四种不同病毒类型(星状病毒 - ssRNA、BK 病毒 - dsDNA、博卡病毒 - ssDNA 和小双节 RNA 病毒 - dsRNA)加入到人 RNA,该研究组合仅用了1.2 M Reads数就能成功对这些病毒进行捕获。

 



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