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会议时间:10月28日 下午,13:30-18:00
会议地点:上海市长宁区长宁路 1018 号,龙之梦万丽酒店, 2号会议厅

本次会议实行邀请制,不设注册费。您可以通过点击下方的“报名注册”链接填写详细的报名信息,在收到确认函后即可凭邀请函参加本次会议。

温馨提示:参会者交通及住宿费用请自理。

讲者及报告摘要:

报告题目:利用三代测序高精度注释小鼠着床前早期胚胎发育
High-resolution annotation of the mouse preimplantation embryo transcriptome using long-read sequencing

摘要:The transcriptome of preimplantation mouse embryo has been previously annotated by short-read sequencing, with limited coverage and accuracy. Here we utilize a low-cell number transcriptome based on the Smart-seq2 method to perform long-read sequencing. Our analysis reveals additional novelty and complexity for preimplantation transcriptome, identifying 2,280 potential novel transcripts from previously unannotated loci and 6,289 novel splicing isoforms from previously annotated genes. Notably, these novel transcripts and novel isoforms with new transcription start sites are enriched for an active promoter modification, H3K4me3. Moreover, we generate a more complete and precise transcriptome by combining long-read and short-read data during early embryogenesis. Based on this approach, we identify a novel isoform of Kdm4dl with a modified mRNA reading frame and a novel noncoding gene designated XLOC_004958, and the depletion of Kdm4dl or XLOC_004958 led to abnormal blastocyst development. Thus, our data provide a high-resolution and more precise transcriptome during preimplantation mouse embryogenesis.

乔云波,博士,广州大学精准基因编辑工程中心副教授 致力于利用胚胎干细胞和小鼠早期胚胎为研究模型,结合高通量测序技术,研究早期胚胎发育和细胞定向分化过程中的表观遗传调控机制;利用基因编辑技术,研究干细胞命运决定和重要疾病中的分子调控机制,开发基于基因编辑技术的治疗方法。先后主持国家自然科学基金、省部级基金和地方基金项目5项,以第一或者通讯作者(含共同)发表SCI论文十余篇,包括Cell Research , Nature Communication, Molecular Therapy, Cell Reports 等。

http://www.agri.sjtu.edu.cn/Assets/userfiles/sys_eb538c1c-65ff-4e82-8e6a-a1ef01127fed/images/szdw/wenqin1.jpg 报告题目:长读长序列解读优质蛋白玉米育成之谜

摘要:玉米是世界第一大粮食和饲料作物,但蛋白营养品质很差,这是由于胚乳中主要储藏蛋白是不含必需氨基酸的醇溶蛋白。国际玉米小麦改良中心通过不断的筛选积累o2的修饰因子,最终育成了硬质且高赖氨酸版本的优质蛋白玉米,并获得2000年世界粮食大奖。而经过千辛万苦育成的热带优质蛋白玉米的适宜区域非常有限,很难在我国大范围推广,大大制约了优质蛋白玉米的发展。如果优质蛋白玉米具有参考基因组序列并开发胚乳修饰因子的分子标记,这必将大大加快其育种进程, 为社会带来巨大的经济效益。为挖掘优质蛋白玉米所有胚乳修饰因子,我们对南非的优质蛋白玉米自交系K0326Y基因组进行了三代测序,最终组装出的基因组大小为2148 Mb,contig N50 达到了7.77 Mb。当K0326Y与B73和Mo17进行比较基因组学分析,发现K0326Y与其它两个玉米基因组之间有丰富的序列多样性及结构变异(SVs),这构成了玉米品种间多样性的主要原因。同时我们对K0326Y和W64Ao2的F2群体进行了BSA-seq分析,对两组优质蛋白玉米和o2突变体(K0326Y vs W64Ao2和CM105Mo2 vs CM105o2)进行了RNA-seq分析,鉴定到了1,791个共同差异表达基因。我们发现了与多个胚乳修饰因子遗传位点紧密相连的候选基因,这些基因具有结构变异和表达水平的改变等遗传特征,据此并结合近期其他研究成果,提出了解释优质蛋白玉米硬质胚乳形成的分子机制模型。我们构建的高质量优质蛋白玉米基因组以及鉴定出的具有结构变异和表达差异的候选基因将会促进优质蛋白玉米胚乳修饰因子分子标记开发及分子育种。

王文琴,博士,上海交通大学农业与生物学院副教授 1996-2000年兰州大学生物学本科;2000-2003年中国疾病预防控制中心免疫学研究生;2003-2007年浙江湖州师范学院讲师;2008-2013年美国新泽西州立大学生物信息学博士,师从发明鸟枪基因组测序法和获得沃尔夫奖(Wolf Prize)的植物生物技术学家Joachim Messing院士;2013-2015年美国新泽西州立大学植物学博士后;2015年起在上海交通大学任教。近五年以第一作者或通讯在本领域一流国际学术期刊发表论文15篇,包括PNAS, Nature Communications and Plant Biotechnology Journal等;近五年主持2项国家级面上项目和1项科技部国家重点研发计划子项目。担任SCI学术期刊Scientific Data, Frontier in Genetics, Genes编委。

https://net.fafu.edu.cn/_upload/article/images/11/58/c01a49d54a4ea7c08a4a57258872/cdad2fb4-84dc-46bc-b0e4-95cde5261501.jpg

报告题目:榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

摘要:榕树以其壮观的气生根而闻名于世。榕属植物是桑科最大的一个属,约含有830个种。榕树具有雌雄同株和雌雄异株不同的性别形态,其中白肉榕亚属和榕亚属均为雌雄同株,无性别之分。无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕四个亚属大多数榕树属于(功能性)雌雄异株榕树,其雌树榕果内雄花败育,只有长花柱雌花,最终生成种子;而雄树榕果内具有雄花和短花柱雌花,雌花可供榕小蜂寄生,最终产生花粉和花粉运输载体——榕小蜂。另外,大部分雌雄异株榕树均无气生根之茂(斜叶榕等除外)。榕树花开于果内,又称隐头花序。每一种榕树都需要一种特定的榕小蜂进入果子传粉。这种专性共生关系形成了独特的榕蜂共演化系统。榕树的这些特征,引发人们提出一系列有趣的科学问题:1)气生根形成的遗传机制是什么?2)何种基因控制榕树性别决定?3)榕属的祖先是雌雄同株还是雌雄异株? 4)榕树通过何种机制吸引专性传粉榕小蜂?5)榕蜂共适应/共演化的遗传机制是什么?6)不同榕亚属的起源与系统演化地位是什么?

为了回答上述问题,我们对含有气生根、雌雄同株的小叶榕,不含有气生根、雌雄异株的对叶榕,以及小叶榕的专性传粉小蜂进行基因组测序。两个榕树基因组的比较显示染色体的重排参与榕树的适应性演化。生长素通路相关基因的扩张与生长素含量的快速积累促进了榕树气生根的形成。研究结果首次在基因组水平上揭示了榕树-榕小蜂在形态和生理方面的协同演化对双方类群的协同多样化的重要影响。

张兴坦,博士,中国农业科学院深圳基因组所研究员

2015年毕业于重庆大学生命科学学院植物学专业。攻读博士期间于2013年-2014年在美国J. Craig Venter Institute研究所从事访问研究;2015年7月进入福建农林大学基因组与生物技术研究中心工作。2020年10月进入中国农业科学院深圳基因组所工作。从事复杂基因组组装和分型、热带植物基因组研究等工作。主持国家自然科学基金、福建省基金、福州市科技基金等多项基金。近年来以第一或共同第一作者在《Cell》,《Nature》,《 Nature Genetics》,《Nature Plants》等国际学术期刊发表论文多篇。

报告题目:三代测序技术的临床应用初探

摘要:严重遗传病(常为致愚、致残、致死性)是严重出生缺陷的主要原因,很多严重遗传病的致病基因位于“基因暗区”,使用传统基因测序技术难以检测,其中以地中海贫血(以下简称“地贫”)、脊髓型肌萎缩症、杜氏进行性肌营养不良、脆性X综合征为典型代表。以地贫为例,该病是全球最常见的单基因遗传性疾病之一,遗传模式为常染色体隐性遗传,是由于珠蛋白基因缺失或突变,导致珠蛋白肽链合成减少或异常而引起的溶血性贫血,主要分为α地贫和β地贫两类。在传统地贫三级筛查模式中,血常规为一级筛查,血红蛋白检测为二级筛查,逐级筛查后会漏检84%的α地贫和27%的β地贫;而在三级筛查中,以Gap-PCR和PCR-RDB为主的方法又会漏检10%以上的α地贫和β地贫。因此,如何更加精准的筛查地贫携带者,最大限度的降低漏检,成为地贫精准防控中的重要一环。贝瑞基因联合福建省妇幼和香港中文大学深圳研究院基于三代测序高精准的HiFi reads,开发了第三代地中海贫血基因检测技术,通过对地中海贫血相关的基因(HBA1/2和HBB)进行全长测序,获得传统基因检测技术难以获得的两个等位基因完整变异蓝图信息(含大片段缺失、点突变),可以作为地中海贫血精准防控的重要方法。未来,我们将不断探索三代测序技术在临床方面的更多应用,为实现出生缺陷精准防控贡献一份力量。

戚顺民,贝瑞基因 产品经理

参与过多项国家级科学研究项目(973项目、国家自然基金项目等),在国内外知名学术期刊发表高水平学术论文多篇。近年来一直致力于高通量测序技术在医学和自然生命科学领域的应用性研究工作,尤其在三代测序、基因组、转录组和表观组学等在医学研究领域中的应用有丰富的项目经验。

报告题目:高精准,长读长HiFiReads带来革命性的技术提升

摘要:PacBio Sequel II自2019年发布后,通量显著提升,并呈现了全新的数据类型HiFi Reads——高度精确的长读长测序数据。PacBio SMRT测序是目前唯一可提供 HiFi Reads 的测序技术,HiFi reads可获得Sanger质量的准确度(> 99%),以及组装复杂基因组所需的长读长(≥ 20kb)。 这一长读长、高准确性的特性,在2020年更是在美国PrecisionFDA挑战赛中表现出了极其明显的优势,也使其成为许多应用的理想测序方案。Sequel IIe于2020年10月推出,新的系统究竟有着怎样的表现,敬请关注!

翁亮,PacBio中国市场经理

具有十年生命科学领域以及分子诊断领域工作经验,曾任基因有限公司市场部产品经理,燃石医学高级产品经理,现任PacBio中国区市场经理。


会议日程:

时间

题目

主讲人

单位

13:30-14:00

注册签到 

14:00-14:10

开幕致辞

侯胜强

PacBio中国区高级销售经理

陈青爽

基因有限公司仪器部副总经理

14:10-14:30

PacBio测序技术的发展历程(Online)

牟德宜

PacBio APAC总裁兼总经理

14:30-15:00

使用长读长测序对早期小鼠胚胎转录组的高精度注释

乔云波 博士

广州大学精准基因编辑工程中心

15:00-15:30

长读长序列解读优质蛋白玉米育成之谜

王文琴 博士

上海交通大学农业与生物学院

15:30-15:50

茶歇

15:50-16:20

榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

张兴坦 博士

中国农业科学院深圳基因组所

16:20-16:50

三代测序技术的临床应用初探

戚顺民

贝瑞基因 产品经理

16:50-17:30

高精准,长读长HiFiReads带来革命性的技术提升

翁亮

PacBio中国市场经理

17:30-17:50

文库构建流程总览

李春燕

基因有限公司 高级产品经理


感谢上海环亚生物科技有限公司、美国安捷伦公司、美国Thermo fisher公司,以及美国Covaris 公司对本次大会提供了赞助和支持!

交通指引:

地铁2、3、4号线中山公园站2号出口,沿长宁路向东步行200米即可到达

大会联系人:李宝玲
手机/微信:13127537885
座机:(021)-6495 1899-236
邮箱:libaoling@genecompany.com
可直接扫描左边二维码添加微信


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