锐博生物推出最全面的组蛋白修饰ChIP-Seq整体服务

       染色质免疫沉淀-深度测序(ChIP-Seq)是将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合所产生的一种高通量技术。这种技术,为全基因组范围内分析DNA 结合蛋白结合位点分布、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化等研究领域提供了一种高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法,是进行基因调控和表观遗传机制研究的极佳选择。

       锐博生物结合自身多平台技术优势,独家提供最全面的组蛋白修饰位点ChIP-Seq整体服务,助您揭开表观遗传组学“组蛋白密码子”的神秘面纱!

       锐博生物目前所提供的组蛋白修饰ChIP-seq服务,涵盖以下26种组蛋白修饰形式:

组蛋白修饰形式

Histone H3

Histone H3K36me2

Histone H3.3

Histone H3K36me3

Histone H2A.Z

Histone H3K79me2

Histone H3K4me3

Histone H3K14ac

Histone H3K4me2

Histone H3K18ac

Histone H3K4me1

Histone H3K27ac

Histone H3K9me3

Histone H4K12ac

Histone H3K9me2

Histone H3K9ac

Histone H3K9me1

Histone H3K36ac

Histone H3K27me3

Histone H2BK5ac

Histone H3K27me2

Histone H2BK120ac

Histone H3K27me1

Histone H3K56ac

Histone H3K36me1

Histone H2AK119ub1

服务内容:
ChIP:
锐博生物采用国际知名品牌最高质量的ChIP级别抗体,提供前期ChIP实验,确保获得最佳的实验结果;
Seq:
采用国际主流新一代测序平台,提供专业的测序及生物信息学分析服务。
测序平台:Illumina HiSeq 2500
测序参数:SE 50,20M clean reads
注:仅限于人、大小鼠物种的细胞样本,细胞数量达到107


图1. ChIP过程示意图

生物信息分析内容:
标准数据分析内容:
1、去除接头序列及低质量reads的处理
2、测序质量评估
3、序列比对
4、测序reads全基因组分布图
5、结合峰鉴定
6、结合峰基因元件分布
7、差异结合峰检测
8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析

个性化数据分析内容:
结合峰的motif检测

应用案例:
       组蛋白甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq测序技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。


图2. 系统鉴定人胰岛组织及β细胞的lncRNA。

(A)分析流程大纲。(B) 1 0 个H3K4me3高表达阳性基因在3种胰腺细胞组分(Islets、FACS β及Acinal)的RNA-seq表达情况。(C)INS位点分别在染色质(ChIP-Seq)及RNA-Seq的定位。(D)不同lncRNA分类的定义及数量。(E)密码子替换率的核密度估计图。红色表示islet lncRNAs,黑色曲表示随机基因间区,绿色表示随机编码蛋白的外显子。(F)转录水平的核密度估计图。绿色表示所有RefSeq 基因,红色表示基因间区lncRNA,绿色表示反义链lncRNA。(Morán I, et al. Cell metab.2012)

参考文献:
1. Visel A Blow MJ, Li Z,et al. ChIP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers. Nature. 2009 Feb 12;457(7231):854-8.
2. Morán I, Akerman, van de Bunt M, et al. Human β cell transcriptome analysis uncovers lncRNAs that are tissue-specific, dynamically regulated, and abnormally expressed in type 2 diabetes[J]. Cell Metab. 2012 Oct 3, 16(4):435-48.
3. Klattenhoff C A, Scheuermann J C, Surface L E, et al. Braveheart, a Long Noncoding RNA Required for Cardiovascular Lineage Commitment[J]. Cell, 2013, 152(3): 570-583.
4. Wang P, Xue Y, Han Y, et al. The STAT3-binding long noncoding RNA lnc-DC controls human dendritic cell differentiation[J]. Science, 2014, 344(6181): 310-313.


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