由于FFPE样本存在高度降解、获得的DNA数量有限的问题，从实体瘤组织中获得全基因组拷贝数和杂合性缺失(LOH)信息，一直是一个巨大的挑战。一个简单的全基因组扫描的方法避免了传统的FISH和PCR技术低分辨率、单位点的瓶颈。虽然下一代测序技术也能用于突变检测，但要从异质性的FFPE样本中获得基因组拷贝数信息，仍面临目标富集和深度测序的重大的挑战。
OncoScan™ FFPE检测服务基于分子倒置探针(MIP)技术，针对大约900个癌症基因加密设计探针，提高了分辨率。在一个试验中轻松完成拷贝数变异和杂合性缺失(LOH)检测，并能检测常见的获得性突变。
上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）作为上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心旗下的专业技术服务子公司，在FFPE样品检测服务领域有多年服务经验，为客户整合推出OncoScan™ FFPE检测服务分析全面解决方案。
- 使用分子倒置探针(MIP)技术，针对FFPE样本优化设计(探针结合处只需40bp的碱基)；
- 经7000多个样本验证，试验成功率>90%；
- 所需起始DNA量少，陈旧FFPE样本也有效(10年或者更久)；
- 适用于绝大多数实体瘤组织类型。
图1分子倒置探针（MIP）检测技术
- 针对约900种癌基因，能达到50-100kb拷贝数的分辨率；
- 癌基因外的全基因扫描，可达到300kb的分辨率；
- 检测全基因组的LOH缺失，包括中性拷贝数杂合子缺失；
- 检测范围可以高达10拷贝以上；
- 对关键癌基因如ERBB2 (Her2)、EGFR、MDM2、MYCFGFR1等，证实与FISH验证的扩增一致；
- 可检测获得性突变。
图2 OncoScan™ Nexus Express软件的全基因组视图
图3 OncoScan Nexus Express软件的染色体视图
亚克隆的检测和克隆演变的分析：
图4 OncoScan ™Nexus Express软件全基因组视图
上半部图：全部拷贝数视图能检测扩增和缺失，这里显示的是：2号染色体嵌合扩增。
下半部图：B等位基因频率带视图，显示低水平嵌合扩增和缺失、LOH和克隆演变的分析，这里显示的是：B等位基因带中间分离确认2号染色体低水平嵌合扩增。
图5 OncoScan™ Nexus Express软件全基因组视图
图6 OncoScan™ Nexus Express软件全基因组视图
1. 样品要求
- 样品纯度：RNA 应该去除干净；
- 样品浓度：浓度不低于12ng/µl；
- 样品溶剂：溶解在Reduced TE（10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA）中；
- 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
DNA抽提→样品质检→实验服务（扩增、标记、杂交、洗脱）→图像扫描→数据处理。
四、参考文献
1．Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. Nature Genetics.
45:1127–1133(2013).
2. A Functional Copy-Number Variation in MAPKAPK2 Predicts Risk and Prognosis of Lung Cancer. AJHG.91:384-390(2012).
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