为了实现同时准确分析单细胞的SNV和CNV,Takara推出了它!

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

单细胞测序近年来也是比较热门的研究方向,各种技术不断推出,百花齐放。如何从中取舍,清清楚楚明明白白真真切切的得到想要的结果呢?

小编借你一双慧眼吧,选择Takara新推出的SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit,让你从此不再雾里看花,水中望月!

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit是在PicoPLEX技术基础上,对其中的酶、引物和protocols进行了进一步优化和升级。可以固定细胞或非固定细胞起始,只需简单的4步操作流程,即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建,且手动操作时间非常短。

升级后的看点有哪些,让小编为您一一揭秘。

适用的细胞类型进一步拓宽:可用于癌症研究,如循环肿瘤细胞(CTC),激光捕获显微切割(LCM)细胞或DNA,以及细针抽吸(FNA)细胞等;也可用于生殖健康研究,如胚胎细胞和循环胎儿细胞;以及用于发育生物学研究,如胚胎细胞,干细胞和稀有细胞;还可以用于宏基因组学和微生物学研究,如微生物细胞,微生物组和环境样品。

适用的检测范围进一步完善:不仅保持了拷贝数变异(CNV)和染色体异倍性的高水平检测,同时实现单核苷酸变异(SNV)、Indel和其他SV的高准确度检测,并且大幅提升了扩增的覆盖度和均一性。在SNV和CNV检测方面优于MDA技术!

PicoPLEX Gold 与A 产品(MDA法)覆盖度、均一性和再现性的比较

Panel A. 图中显示,以单细胞起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。

在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (~35M read pairs,PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似,在较高深度的覆盖度高于A产品(MDA)。

Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。红色虚线区域,MDA明显没有扩增出来,但PicoPLEX Gold则非常均匀的覆盖!PicoPLEX Gold是更可靠的SNV检测的选择!
Panel C. 以单细胞起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增,评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比,PicoPLEX Gold (左)在两个单细胞群之间的一致性明显更好。
(数据均来源于Takara Bio Inc.)
PicoPLEX Gold 与A 产品(MDA法)SNV检测的比较

Panel A. 以单细胞(1c),5个细胞(5c)或15 pg的 NA12878 gDNA起始,比较A产品(MDA),PicoPLEX Gold(PP Gold)和SMARTer PicoPLEX WGA(PP WGA)这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs, gDNA样品深度为40M read pairs。与A产品(灰色)和PicoPLEX WGA(紫色)相比,PicoPLEX Gold(蓝色)有高的保真度和覆盖度,可以高质量的检测更多的SNV(2-9倍),具有明显的优势。

Panel B. PicoPLEX Gold(蓝色)的B等位基因频率的对称分布,以0.5为中心,展示两个等位基因的平衡情况。与A产品(MDA)相比,PicoPLEX具有更好的等位基因平衡(灰色)。

Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备技术中,表现出最低的等位基因脱扣率(假阴性)。
Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度(蓝色),使得等位基因插入率与A产品(灰色)相当,且显著低于PicoPLEX WGA(紫色)。

(数据均来源于Takara Bio Inc.)

期望PicoPLEX Gold作为一剂良方,帮您看清单细胞全基因组测序的纷扰!


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