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动植物基因型鉴定,哪些PCR酶值得选购?

基因分型是一种检测个体基因型的技术,它的对象可以是病毒或细菌,帮助我们通过追踪传染源来控制病原体的传播;可以是,比如我们比较熟悉的骨髓/干细胞移植的HLA分型、肿瘤突变分型、DNA亲子鉴定等等;也可以是实验室经常研究的动植物,如鉴别基因敲除鼠等等。今天我们就来聊聊这其中的动植物基因分型,如果您恰好在做这方面研究,或者对这个领域感兴趣,不妨来了解一下。

转基因动植物的基因型鉴定是该研究领域关键而且重要的环节之一。目前,常规的转基因动植物鉴定主要涉及两类技术:第一种是以分子杂交技术为基础的Southern blot和斑点杂交,第二种则是以PCR技术为基础,发展起来的多种鉴定方法。Southern杂交虽然结果明确可靠,但是由于操作繁琐、耗时长、重现性差等缺点,并不太适用于环节众多,工作量较大的前期筛选阶段。而PCR技术的不断发展,则大大简化了这一流程。我们以实验室常见的模式动物小鼠为例,常规PCR筛选鉴定步骤如下:

组织取材→提取模板DNA→PCR反应→电泳→结果分析

这其中,PCR反应作为当之无愧的“C位”担当,地位举足轻重。因此,选择一款适合的PCR酶,就显得尤为重要。

但是,现如今商品化的PCR酶种类繁多,适用性也不尽相同,究竟哪些值得选购?今天,我们就为大家种草两款适用于动植物基因型鉴定的PCR酶。

推荐一:MightyAmp系列直接PCR酶
种草理由:
抑制剂耐受性高 无需DNA纯化 操作简便,省时省力

Takara MightyAmp DNA聚合酶有很强的扩增性能,对于使用普通PCR酶难以扩增 (含有PCR阻害物) 的粗提样品显示很好的扩增能力。无需DNA纯化,可直接使用动植物、血液、加工食品、FFPE、FTA卡等样品进行PCR扩增,避免了由于多步样品制备造成的基因组DNA的损失,节省了时间,降低了成本。助力动植物基因分型,是您做直接PCR的理想选择!

1. 跳过复杂的模板提取纯化过程,可使用样品或粗提品直接进行扩增
参考如下MightyAmp™ Genotyping Kit(Code No. R074A)操作流程图

2. 种类繁多的样品可以进行直接PCR

3. 小鼠尾及动植物等样品的PCR扩增实验例

4. MightyAmp系列制品一览表

制品名称

概要

Code No.

包装量

MightyAmp™ Genotyping Kit 直接PCR扩增试剂盒 R074A 200 次
MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.2 Ver.2版本直接PCR酶 R071A 250 U
R071B (A×4) 1,000 U
R071Q 50 U
MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3 Ver.3版本直接PCR酶,抗阻害性更强 R076A 250 U
R076B (A×4) 1,000 U
Lysis Buffer for PCR 粗提裂解液制备试剂 9170A 20 ml
MightyPrep reagent for DNA 9182 20 ml
9182S 2 ml

推荐二:EmeraldAmp绿宝石系列Premix PCR酶

种草理由:
操作简便,适用于大批量样本 收量高 Plus dye,可直接电泳

EmeraldAmp绿宝石系列是PCR反应用各种试剂(酶、Buffer、dNTP Mixture等)的2倍浓度的预混型制品。使用本制品时,只需要在制品溶液中加入模板和引物便可进行PCR反应,简化了操作步骤。并且,本制品中已含有电泳时所必需的色素试剂(蓝色和黄色色素),PCR反应后可以直接进行电泳。反应液为鲜艳的绿色(Emerald Green),电泳时指示效果明显,容易观察样品的电泳位置。

EmeraldAmp® MAX PCR Master Mix(Code No. RR320)为例,相比于Premix Taq/Ex Taq plus dye来说,有如下优势:
  1. 制品性能更卓越,制品中使用了具有高扩增性能的DNA聚合酶和最适Buffer,也适用于长片段的扩增。以人基因组DNA为模板可以扩增15 kb的DNA片段。
  2. 性价比高,单次反应价格较低。
1.操作简便,可直接电泳

2.Technote:高通量筛选-通过PCR方法进行基因分型

简介
什么情况下,适合使用传统PCR作为高通量筛选方法?

Endpoint PCR是一种有效、可靠且成本较低的高通量筛选方法。先对大量样品进行常规PCR反应后,用琼脂糖凝胶电泳进行分析,应用于基因分型或进行常规的两步法RT-PCR筛选标记基因的表达等。

可能遇到的问题
高效的工作流程如何能够确保高通量PCR筛选项目的成功?

当进行数十个、数百个甚至数千个PCR反应时,效率是至关重要的:工作效率的每一个改进都会显著节省时间。减少移液的步骤能尽可能减少污染和误差的可能性,并可将重复性操作带来的损失降到最低。简化筛选程序也能使不同的实验室人员之间实现更好的标准化操作,这对于扩大筛选项目至关重要。
典型的Endpoint PCR筛查分析包括:
  • 确定是否存在目标序列(例如,转基因序列)
  • 等位基因测定(例如,可变重复序列、RFLP分析、插入和删除)
  • 在正向或反向基因筛选中识别突变体
  • 利用RT-PCR技术筛选生物标志物基因的表达
解决方案
EmeraldAmp绿宝石系列,优化用于高通量PCR

Takara EmeraldAmp绿宝石系列PCR酶经过优化,能够助力高效完成常规Endpoint PCR和PCR筛选项目(如对大量样本进行基因分型)工作,并且制品性能卓越、性价比高。该系列是PCR反应用的DNA Polymerase、Buffer、dNTP Mixture的2倍浓度的混合物。使用时,只需在制品溶液中加入模板和引物便可进行PCR反应。PCR后的样品可以直接上样电泳、用于酶切、也可以方便克隆到T载体上。
Technote详情请参考>>

3. EmeraldAmp绿宝石系列制品一览表

制品名称 概要 Code No. 包装量
EmeraldAmp® PCR Master Mix Hot Start酶,适用于直接菌落PCR检测插入片段,对GC Rich模板也能得到良好扩增,以人基因组DNA为模板可以扩增10 kb的DNA片段 RR300A 160 次
RR300B(A×5) 800 次
RR300Q 40 次
EmeraldAmp® GT PCR Master Mix 适用于标准PCR反应,以人IGF2R为模板可以扩增3.9 kb的DNA片段 RR310A 160 次
RR310Q 40 次
EmeraldAmp® MAX PCR Master Mix 适用于高收量及长片段PCR反应,以人IGF2R为模板可以扩增15 kb的DNA片段 RR320A 160 次
RR320Q 40 次
EmeraldAmp® MAX HS PCR Master Mix Hot Start酶,适用于高收量及长片段PCR反应,以人IGF2R为模板可以扩增15kb的DNA片段 RR330A 160 次

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