目前，验证全基因组关联分析（GWAS）显著位点的能力尚未跟上其发现的速度——这被称为“变异到功能之间的鸿沟（variant to function gap）”。功能基因组学是研究基因功能的金标准，然而，传统的研究方法往往缺乏空间背景信息。

空间Perturb-Seq（Spatial Perturb-Seq）是一个具有广泛应用前景的平台，它通过将多重CRISPR扰动与完整体内组织的单细胞空间转录组学相结合，克服了这一难题。这使得研究者能够同时考察基因功能对细胞自身的调控（细胞自主性效应）以及对周围环境或邻近细胞的影响（非细胞自主性效应）。

通过使用Xenium原位技术对组织进行分析，我们将其性能与基于测序的空间转录组学平台进行了基准测试，展示了其在检测通量、灵敏度、准确性和空间分辨率方面的互补优势。除了对单个细胞进行空间分析外，我们还利用空间转录组学在原位绘制了细胞间通讯网络。