| |
|
| |
|
eCLIP-seq技术革新：精准锁定细胞内RBP蛋白-RNA互作图谱
|
|
——Aksomics eCLIP-seq新品发布！
|
|
| |
|
| RNA结合蛋白（RBP）作为调控基因表达的关键因子，通过与靶RNA分子相互作用在细胞生理过程中发挥关键作用，控制着RNA在细胞内的加工、运输和翻译。这些调控功能对正常人体生理至关重要，RBP功能缺陷与多种遗传性和获得性疾病相关，如神经退行性疾病、自身免疫缺陷和癌症。 |
| Nat Methods发布eclip-seq：精准定位RBP结合位点的新一代利器！ |
| 为探究RBP作用机制，需精准定位其RNA结合位点。eCLIP-seq在RIP和iCLIP技术基础上全面优化，不仅能捕获RNA结合蛋白（RBP）的互作RNA，更能精确定位其在RNA上的结合位置，解决了传统方法定位模糊、重复性差的问题。该技术为揭示转录后调控机制提供关键支持，是研究基因表达调控网络的强大工具。 |
| Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP). Nat Methods. 2016 |
|
|
| 图1. eCLIP-seq证明口腔癌中FXR1结合靶mRNA影响癌基因RNA稳定性进而调控肿瘤增殖。 |
| eCLIP-seq（enhanced UV crosslinking and immunoprecipitation增强型紫外交联免疫共沉淀测序）是在经典iCLIP-seq技术基础上优化而成的具有高效的“蛋白-RNA”相互作用研究手段。该技术首先通过紫外交联固定细胞内特定蛋白与其结合的RNA的相互作用，然后利用特异性抗体富集目标RNA结合蛋白（RBP）及其结合的RNA片段，最终通过高通量测序实现在全转录组范围内精确绘制RBP结合图谱。 |
|
▪
|
分辨率高，精确定位RBP结合位置；
|
|
▪
|
准确度高，捕获内源真实互作分子，有效避免假阳性和间接互作RNA；
|
|
▪
|
极大提升文库有效复杂度，显著减少冗余数据；
|
|
▪
|
可重复性高：标准化且稳健的实验流程，支持大规模、可重复的RBP结合图谱绘制；
|
|
|
| |
