《转录组学与多组学整合研究指南》免费送！
本书由派森诺资深技术团队编撰而成，全面系统阐述了转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学（甲基化）等各组学的概念、研究思路、测序知识点、常见问题解答、经典文章案例、样品要求等各个方面，涵盖了各组学的各方面的技术细节。
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转录组测序 (transcriptome sequencing) 的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的mRNA集合，可以在整体水平研究基因功能以及基因结构，发现不同生理或者病理状态下细胞、组织或个体内差异表达的基因。目前已经广泛用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。
| 序号 | 分析项目 | 序号 | 分析项目 |
| 1 | 原始数据整理、过滤及质量评估 | 17 | 趋势分析 |
| 2 | 参考基因组注释整理与统计 | 18 | 表达差异基因 GO 富集分析 |
| 3 | 比对结果基本统计 | 19 | 表达差异基因 KEGG 通路富集分析 |
| 4 | 比对区域分布统计 | 20 | 差异表达基因蛋白互作网络分析 |
| 5 | 基因覆盖均一度 | 21 | 外显子表达差异分析 |
| 6 | 表达量分析 | 22 | 转录因子分析 |
| 7 | READS 在已知类型基因的分布 | 23 | 新转录位点统计和注释分析 |
| 8 | 不同表达区间基因的统计 | 24 | cSNP 和 Indel 统计和注释分析 |
| 9 | 样本间共有特有表达基因统计 | 25 | 差异可变剪切分析 |
| 10 | FPKM 密度分布 | 26 | UTR 分析 |
| 11 | FPKM 饱和度 | 27 | 基因组圈图 |
| 12 | 样品相关性检验 | 28 | 组间共有特有差异基因可视化 |
| 13 | PCA 分析 | 29 | 转录组可视化平台搭建 |
| 14 | 基因表达差异分析 | 30 | 转录本表达差异分析 |
| 15 | 多组差异表达分析比较 | 31 | 共表达网络分析 |
| 16 | 聚类分析 | ||
题目：Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis
期刊： Cell Stem Cell
年份： 2018
影响因子：23.394
简介：Hox基因调节造血干细胞（HSC）的性质，并且在祖细胞中重新获得Hox表达会促进白血病发生。最近的研究揭示了造血中的顺式调节网络的重要性，但是，对于调节HSC中生理功能和潜在机制至关重要的特定顺式调控元件（CREs）在很大程度上是未知的。
平台：Illumina HiSeq
结果：分析揭示了Hoxb簇和类视色素信号基因主要在LT-HSC中富集，并且Hoxb表达的协调调节由类视黄醇依赖性顺式调控元件，远端元件RARE（DERARE）介导。DERARE的缺失降低Hoxb表达，导致许多下游信号传导途径（例如，非经典Wnt信号传导）的改变以及HSC自我更新和重建能力的丧失。DNA甲基转移酶介导DERARE上的DNA甲基化，导致减少Hoxb簇表达。研究结果证明维甲酸信号转导和DERARE在维持HSC和通过Hoxb基因的协调调节预防白血病发生中起关键作用。
WT和DERARED缺失的HSC细胞的RNA-seq
Wnt5a处理的HSC的转录组分析
参考文献： 10.1016/j.stem.2018.04.012 点击下载