Illumina, ABI全基因组序列竞赛

　　

生物通 徐子予报道 了参加大规模的人类基因组再测序项目，如千人基因组项目，Illumina和ABI各自正在研究如何利用各自的测序平台，更便宜、快速、精确和详细地测定一个人的基因组序列。

在2月份Marco岛举行的的基因组生物技术进展大会上，这两家公司的研究人员个体提交了对同一个非洲人样本的初步测序结果。这些结果将和用其他测序方法得到的结果进行比较，以评估这两个平台在发现SNP和结构变异上的表现如何。

2个公司测序的样本都是来自尼日利亚Ibadan的同一位无名非洲土著。Illumina和ABI并非仅有的新一代全基因组测序项目，其他公司如454和Baylor大学合作正在使用454平台测序Jim Watson的基因组序列。

去年秋天北京基因组研究院的科学家说他们正在使用Illumina的平台测序一个中国研究人员的基因组序列并准备发表。6个星期来Illimina投入了8台测序仪，差不多是原来Solexa的一半力量，从27次匹配运行得到77 Gigabases的数据，代表大约20倍覆盖率，覆盖大约92%的人类基因组信息哦。

ABI还没有得到这么多数据。他们从大概2.5配对运行中得到21 Gigabase数据，7倍测序覆盖率，并计划提高到10-12倍。

个人全基因组测序的服务和市场的强烈需求使得各公司发力研制更快速更经济更准确的测序仪器，并首次在全球科研用户中展开了同台竞赛。

Illumina，ABI，454等公司超大型全基因组测序仪都已经在国内遍地开花。问题是，我们真的需要人手一台吗？

关于测序的其他信息
Microchip Biotechnologies和Stanford大学合作开发前沿的微流体样品制备系统以加速pyrosequencing项目

Helicos Biosciendes宣布卖出并已经装运第一台单分子测序仪器给基因组测序服务提供商Expression Analysis。

华盛顿大学和华盛顿州立大学合作测序苹果基因组序列。此外还公布的玉米基因组草图，覆盖95%。

有关测序的基金项目

$210,495/FY2007
New Method for Direct Electronic Sequencing of DNA
Grantee: Andrew Hibbs, Electronic Biosciences
Began: Sep. 19, 2007; Ends: Aug. 31, 2008
The National Human Genome Research Institute funded Hibbs to work on a new method to sequence a single DNA molecule via direct electronic measurement of individual bases as they flow through a protein pore. The company works with Henry White at the University of Utah and David Deamer at the University of California, Santa Cruz.

$136,286/FY2007
Integrated Assembly Software for Sanger and Next Generation Sequence Technologies
Grantee: Timothy Durfee, DNAStar
Began: Sep. 1, 2007; Ends: Feb. 29, 2008
This project aims to develop and evaluate prototype software approaches targeted at the tremendous volume of data generated by next-gen sequencing platforms. According to the grant abstract, "This will require developing new algorithms that take advantage of the abundant data generated to overcome bottlenecks that have previously limited the accuracy and completeness of assemblies."