派森诺新品发布：环状RNA测序服务

环状RNA（Circular RNA, CircRNA），是一种广泛存在于生物体内的特殊RNA分子，与线性RNA相比，稳定性高，现已证实CircRNA广泛存在于生物体内，与线性RNA相比，稳定性高，对microRNA具有重要调控作用。CircRNA于2012年被科学家发现，2013年Nature杂志报道两篇关于CircRNA的研究成果，由此关于CircRNA的研究开始引起科学家的重视。利用高通量测序技术可鉴定CircRNA在生物样本中的种类、表达丰度及结构，对CircRNA的研究起到重要的推动作用。

项目流程：
           RNA样品
           样品检测
           去除rRNA
           去除线性RNA
           CircRNA片段化
           双链cDNA合成
           片段选择和PCR扩增
           上机测序
           数据质控
           生物信息分析

分析内容：

分析项目

原始数据整理、过滤及质量评估

参考基因组注释信息整理

比对到参考基因组及结果评估

eggNOG分类分析

circRNA筛选

circRNA表达量统计

circRNA来源基因分析

circRNA差异表达分析

差异circRNA  GO富集分析

差异circRNA  KEGG富集分析

差异circRNA  聚类分析

microRNA结合位点分析

 

	CircRNA测序
样本要求	RNA样品总量: ≥4 μg； RNA样品浓度: ≥80 ng/μL
rRNA去除	Illumina rRNA去除试剂盒
线性RNA去除	Illumina RNase R
文库类型	链特异性文库
测序平台	Illumina HiSeq 4000/NextSeq 500平台
读长模式	2×150bp
数据量要求	5G/10G
项目周期	50个工作日

案例分析1：
RNA结合蛋白QKI调节环状RNA的形成

The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

澳大利亚南澳大学，南澳病理学研究所的研究人员通过高通量测序和蛋白组学等手段，对人HMLE细胞系细胞和发生上皮间质转化（epithelial-mesenchymal transition，EMT）后的mesHMLE细胞进行了研究，发现EMT过程中大量的circRNA的形成会受到RNA结合蛋白QKI的动态调控，并且证实插入QKI蛋白结合位点的正常线性剪接体也会形成新的circRNA结构。这些发现表明了circRNA在EMT即上皮间质转化中发挥着特定的生物学作用。

图1 全转录组的总circRNA和来源于无差异高丰度转录本的circRNA的分布比例

图2 circRNA及其同源线性mRNA的丰度差异倍数的相关性

 
图3 circRNA在HMLE（上皮细胞）和 mesHMLE（间质化细胞）中的相对丰度

案例分析2：
天然环状RNA有效的起到micro RNA海绵的作用

Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges

mi RNA活性已被证明受mi RNA海绵体存在的影响, 奥尔胡斯大学分子生物学和遗传学、神经生物学研究等研究人员在人和小鼠脑中发现高度表达的环状RNA，称之为ci RS-7。在老鼠大脑中,我们观察到ci RS-7和mi R7共表达，尤其是在皮层和海马神经元,说明高度的内生互动；进一步研究证明睾丸中特殊的环状RNA--Sry,作为一个mi R - 138海绵体,表明mi RNA海绵体普遍受到环状RNA结构的影响。

 
图1  ci RS-7的结构、保持和异源表达

 
图2 ci RS-7和mi R-7之间的交互作用

 
图3 ci RS-7作为一个海绵体作用于mi R7

 
图4 环状 Sry RNA与mi R - 138相互作用

参考文献：
Conn S J, Pillman K A, Toubia J, et al. The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs[J]. Cell, 2015, 160(6): 1125-1134.
Thomas B. Hansen，Trine I. Jensen，et al.Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges[J].Letter,2013,1-7.

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