样本无需浓缩,即可构建结果可靠性高的DNA-Seq文库:ThruPLEX® DNA-Seq HV

【字体: 时间:2020年12月15日 来源:Takara

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  Takara科学家特别优化、研制的 ThruPLEX DNA-Seq HV ,支持5-200 ng DNA起始,起始体积提升至30 μl,样本无需浓缩,通过这样的改进,单管三步操作流程,2 h内完成文库构建!

  

出色的NGS文库构建系统必须具备“流线型”、简便的操作流程,兼容更大的DNA起始量范围,同时还必须保证结果的可靠性。

Takara科学家特别优化、研制的 ThruPLEX DNA-Seq HV,支持5-200 ng DNA起始,起始体积提升至30 μl,样本无需浓缩,通过这样的改进,单管三步操作流程,2 h内完成文库构建!ThruPLEX DNA-Seq HV所建文库能获得基因组覆盖度更高、突变检测更正确的测序数据。面对不同GC含量的样本,我们的系统都能产生覆盖度更均匀且一致的实验数据。

■ 流程简便,节约您的宝贵时间!


(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

Takara科学家分别采用5/200 ng DNA起始,比较了ThruPLEX DNA-Seq HV与其他品牌同类产品制备文库的操作流程,建库总时长为制备足量双端Illumina文库的时间。在上表的比较结果中,ThruPLEX DNA-Seq HV是唯一采用单管操作、无需接头稀释且过程中无需磁珠纯化的系统,能大大减少珍贵样本的损耗,建库总时长与手动操作时间均为最短,操作最为便捷!

■ 不同GC含量,一致均匀覆盖


实现一致、均一的GC覆盖度并不容易,要求文库构建系统对不同GC含量的基因组都能提供正确、均一的覆盖。实验结果证明:无论是以gDNA还是以不同GC含量的实际样本起始,ThruPLEX DNA-Seq HV均能构建出GC覆盖度均一的文库!

■“妥协”的FFPE 样本,不“妥协”的DNA-Seq性能

若要长期保存临床研究组织样本,往往需要福尔马林进行固定处理,处理后即为福尔马林石蜡包埋样本(FFPE)。但福尔马林会造成样本中的核酸降解,表现为核酸品质差、含量不足,致使后续的高品质文库构建出现困难。ThruPLEX DNA-Seq HV采用优化的技术与流程,无惧FFPE样本的挑战!

Takara科学家比较了ThruPLEX DNA-Seq HV与A公司的同类产品所建文库的测序数据,样本分别是50 ng与5 ng起始的formalin-compromised样本(模拟的FFPE样本)、30 ng与5 ng起始的FFPE样本,三次生物学重复。

图1 ThruPLEX DNA-Seq HV所建Formalin compromised文库具有更高的平均靶标覆盖度 两个试剂盒所建文库采用AMPure磁珠纯化、pool后用IDT xGEN Pan Cancer Panel (800kb human genome) 进行靶向富集,NextSeq 500/550 Mid Output Kit v2.5 (150 Cycles) 双端测序。每个文库downsample为5M reads,bowtie2软件将数据align至hg19。VarDict Variant Caller进行突变分析,最低覆盖度30X,最低等位基因突变频率0.5%。(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

图2 ThruPLEX DNA-Seq HV所建FFPE文库能检测到更多的突变 两个试剂盒所建文库的测序数据,三次重复中至少有两次检测到阳性突变被计算为有效阳性突变。(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

以上表明,ThruPLEX DNA-Seq HV文库构建系统,具有流程完整、快速,文库复杂度高、结果可靠性高、兼容困难样本等特点, 更适用于临床相关样本及肿瘤学研究等应用领域!

Code No.

产品名称

包装量

R400741

ThruPLEX DNA-Seq HV

24 Rxns

R400740

ThruPLEX DNA-Seq HV

96 Rxns 

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