Takara基因融合分析研究方案

【字体: 时间:2022年10月09日 来源:Takara

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  采用RNA-Seq方式进行基因融合分析,在灵敏度、特异性及复杂融合结构检出等评价指标中都有更好的表现,能提供更准确的基因融合检测结果。

癌症研究热点——单细胞全长转录组与基因融合分析

2022年2月,国家癌症中心发布了新一期的全国癌症统计数据。据研究结果显示,2016年我国新增癌症病例约为406.4万,癌症死亡人数约为241.35万,较上一年统计结果均呈上涨趋势。癌症依然是严重威胁人类生命健康的重大公共卫生问题。持续增加的病例数和死亡人数暗示着癌症的防控形势十分严峻。

融合基因是肿瘤早期检测的重要生物标志物之一。许多基因融合事件也是肿瘤形成的强烈驱动突变。关于这些融合基因的研究为肿瘤发生的疾病机制提供重要的见解,对靶向治疗策略的开发也有重要的指导作用。采用RNA-Seq方式进行基因融合分析,在灵敏度、特异性及复杂融合结构检出等评价指标中都有更好的表现,能提供更准确的基因融合检测结果。

Takara基因融合分析研究方案

Takara高通量单细胞分选系统

ICELL8 cx Single-Cell System可以提供从单细胞分选到测序文库构建的完整解决方案,实现自动化、高通量的单细胞全长转录研究。配合靶向富集方法进一步提升稀有基因融合检测能力,“拯救”低代表性区域下的稀有变异! 

SMART-Seq Pro Application Kit (Code No. 640257)

经过深度优化推出的SMART-Seq Pro Application Kit,具备更好的单细胞全长mRNA分析能力,在ICELL8 cx单细胞平台上一张微孔芯片可同时完成1,200~1,500个单细胞 (核) SMART-Seq文库构建。为“藏珠于海”的转录水平稀有生物标志物发掘提供了有力工具。

【案例】K562细胞中BCR-ABL1融合检测

使用ICELL8 cx单细胞平台分选获得1,512个K562细胞,鉴定出费城染色体的K562细胞作为BCR-ABL1融合分析的阳性样本。设计BCR、ABL1富集探针,在构建好的单细胞全长转录组文库基础上进行目标基因靶向富集。

◆ 靶向富集后单细胞全长转录组数据对比未富集组,BCR-ABL1融合细胞鉴定能力明显提升。

◆ 富集后BCR-ABL1基因融合来源的junction reads和spanning reads,检出效果显著提升。

 

未富集文库

BCR- ABL1-富集文库

BCR-ABL1 junction reads

13

1,735

BCR-ABL1 spanning reads

39

6,420

鉴定到BCR-ABL1融合基因的细胞数

40

264

如果您对单细胞全长转录组分析中的小概率事件感兴趣,目标富集是一个极为有效的方法。通过ICELL8 cx SMART-seq应用与目标富集相结合,可以有效提高对重要低表达融合事件的检测。

FFPE样本、cfRNA样本融合基因测序研究方案

除细胞样本外,FFPE和游离RNA样本也是融合基因RNA-Seq项目中具有应用潜力的样本类型。这两种类型的样本常常存在完整性不足的问题,并且在样本品质和提取量方面也有各自的不足,为后续的NGS分析工作增加了难度。

Takara针对性推出了SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian。优化的文库构建流程,帮助您从容应对低完整性样本的融合基因RNA测序分析。SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian进一步引入UMI分子标签技术,更适合RNA水平下罕见融合基因、低频突变等事件的分析与研究。

货号

产品名称

634411

SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian

634485

SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian

点击下方扩展阅读,了解Takara FFPE困难样本及更多癌症研究方案

扩展阅读
《Takara癌症研究解决方案》

参考文献
[1] Zheng, R.S. et al. Cancer incidence and mortality in China, 2016. Journal of the National Cancer Center (2022)
[2] Mertens, F. et al., The emerging complexity of gene fusion in cancer. Nature Reviews Cancer (2015)
[3] Davies, K.D. & Aisner, D.L. Wake up and smell the fusions: Single-modality molecular testing misses drivers. Clinical Cancer Research (2019)
[4] Grosveld, G. et al., The chronic myelocytic cell line K562 contains a breakpoint in bcr and produces a chimeric bcr/c-abl transcript. Molecular and Cellular Biology (1986)

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