癌症研究中的垃圾宝藏

【字体: 时间:2022年11月25日 来源:Oncotarget

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  2022年11月17日,《Oncotarget》发表了一项新的研究视角,题为“癌症研究中的垃圾宝藏”。

  
   

Figure 1    

膀胱分析中发现的最丰富的细菌类群。    


“这些被认为是无用的数据大多被视为垃圾,一直未被挖掘。然而,在某些情况下,隐藏在这些数据中的珍宝会被丢弃。”  

一项新的研究视角于2022年11月17日发表在Oncotarget的第13卷上,题为“癌症研究中的垃圾宝藏”。

近年来,癌症研究有了显著的进步,这主要归功于新一代测序(NGS)技术。因此,产生了大量的基因组和转录组数据。在大多数情况下,研究目标所需的数据被使用,不需要的读取被丢弃。然而,这些被剔除的数据包含了相关的信息。为了验证这一假设,我们从公共数据集中获取了基因组和转录组数据。

在这种新的研究视角下,研究人员使用宏基因组学工具探索基因组癌症数据;我们使用额外的注释来探索miRNA实验中差异表达的ncRNA,也研究了RNA-seq实验中邻近肿瘤样本的变异。

“在这里,我们展示了从高通量癌症调查中获得的非靶向信息中获益的潜在策略。”

在所有的分析中,都获得了新的数据:从DNA-seq数据中,微生物组分类具有专门宏基因组研究的类似性能;从miRNA-seq数据中,发现了额外的差异表达sncRNA;在肿瘤和肿瘤邻近组织资料中,发现体细胞变异。

这些发现表明,NGS实验中未被探索的数据可以帮助阐明癌变机理,并发现具有临床应用价值的推定生物标志物。实验设计应考虑进一步的研究,提供优化数据的机会,节省时间和资源,同时允许从同一样本和实验运行获得多个基因组视角。

“总之,我们的研究结果加强了这样一个假设,即从NGS中可以提取大量额外的、潜在有用的信息。此外,对每一个可用信息的综合调查应该为每个实验的分子场景提供更广泛和更可靠的解释。”



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