多肽基因组学在葡萄中发现非常规多肽

非传统多肽(Non-conventional peptide, NCP)是指从以前未注释的编码序列中提取的多肽，包括基因间区、内含子、未翻译区(UTRs)等。虽然NCP来源于未注释的编码区域，但越来越多的研究表明NCP在植物中发挥着重要的生物学作用。已有研究表明，NCP在植物发育过程中不可或缺。然而，由于这些多肽片段短，在基因预测和质谱(MS)分析中往往被忽略，导致对植物多肽总数和多样性的严重低估。

　　

尽管一些研究人员通过多种方法(如拟南芥和玉米)识别了多肽，但大多数NCPs的生物学功能仍有待证实。NCPs通过调节较大的调控蛋白发挥功能，因此可以从它们作用的蛋白预测其功能。此外，还可以通过全基因组关联研究预测NCPs的功能，如与数量性状位点(QTL)的结合或驯化分析。对葡萄浆果NCPs的研究很少，对初级miRNA序列编码的多肽的研究报道很少。

最近，河南科技大学的科学家从Arabidopsis thaliana和Vitis vinifera蛋白数据库(Ensembl/URGI)和一个个性化的肽基因组数据库中分别鉴定出188和2021个非冗余肽。然后，他们分析了NCPs和CPs的染色体分布以及NCPs的起源。NCPs在葡萄基因组中分布广泛，且两者在葡萄染色体上的分布规律不同。为了分析NCPs的功能，研究人员将NCPs与QTLs、LTR逆转录转座子和驯化选择区域的位置进行了比较。约94%的NCPs定位在发育、内在品质、抗病和果实品质相关的QTLs上。他们还研究了NCPs是否具有发育特异性。这种NCPs的大规模识别提供了重要信息，加深了我们对葡萄中这些小分子的理解。

“我们的研究是首次在葡萄中广泛识别NCPs。这表明在基因组中有大量的翻译，”郭教授说。这些结果为研究NCPs的功能奠定了基础，也为葡萄中发现新的功能基因提供了参考。

 Large-scale discovery of non-conventional peptides in grape (Vitis vinifera L.) through