PacBio公布了一种全面的全基因组串联重复分析的新方法

分析方法支持常见疾病的遗传原因研究

　　

高质量、高精度测序解决方案的领先开发商PacBio(纳斯达克代码:PACB)今天宣布推出一种新的计算分析方法，使用PacBio原生的长读HiFi测序数据，对人类基因组中超过100万个串联重复序列(TRs)进行分析。串联重复基因分型工具(TRGT:发音为“target”)旨在为科学家提供获得全基因组TRs序列和甲基化状态的完整表征的能力。我们相信TRGT将使科学家更好地理解已知TRs在人类疾病中的作用，并可能导致发现新的致病TRs。

串联重复序列是序列重复的基因序列，它们可以在从父母到孩子的长度上增长。重要的是，TRs与许多神经系统疾病有关，如渐冻症和亨廷顿氏舞蹈症，此外还有遗传性精神智力残疾的头号原因——脆性X染色体综合征。

PacBio计算生物学副总裁Michael Eberle说:“我们开发TRGT来描述最困难的变异类之一串联重复的遗传和表观遗传变异。到目前为止，由于短读测序技术对基因组这些区域的测序能力的限制，串联重复序列一直没有得到充分的研究。通过结合HiFi测序和TRGT，我们希望为科学家提供探索和表征这些复杂基因组区域的能力，并最终更好地理解它们的生物学影响。”

TRGT的目的是使研究人员能够表征基因组中每个被分析的重复等位基因和侧翼序列的序列组成和结构、重复单位长度和CpG甲基化。TR变异的改进特性可能有助于对致病位点的三级分析。例如，TRGT可以描述与某些疾病相关的非常长的(数千个碱基对)重复序列。TRGT还可以识别序列组成变化，这些变化可能与疾病的致病性扩大有关，如伴有神经病变的小脑性共济失调和双侧前庭反射综合征(CANVAS)。此外，因为HiFi读取可以识别CpG甲基化，TRGT可以识别与肌强直性营养不良扩张相似的高甲基化信号。

迈阿密大学米勒医学院教授兼首席基因组学官、医学博士Stephan Zuchner说:“TRGT方法是对重复扩展分析的一个重大改进，它正在帮助我们在遗传疾病个体的样本中发现新的和潜在的重要变异，这些变异可能与疾病相关。”Zuchner博士和他的同事Matt Danzi博士专注于研究健康和罕见疾病队列中重复扩张的特征。

为了提高可用性，TRGT还附带了一个配套工具TRVZ，用于可视化每个重复等位基因和侧翼序列的读堆和甲基化数据。

TRGT和TRVZ现在可以在GitHub上使用