南京医科大学Cancer Cell发文:肺癌致病变异的遗传新机制

【字体: 时间:2022年09月17日 来源:南京医科大学

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  9月15日,南京医科大学公共卫生学院沈洪兵、胡志斌课题组在国际顶尖肿瘤学期刊《细胞·癌症》(Cancer cell)上发表了题为“基于全基因组测序技术系统解析中国人群肺癌罕见胚系致病变异”(Analyses of rare predisposing variants of lung cancer in 6004 whole genomes in Chinese)的研究论文。

  

2022915日,南京医科大学公共卫生学院沈洪兵、胡志斌课题组在国际顶尖肿瘤学期刊《细胞·癌症》(Cancer cell)上发表了题为“基于全基因组测序技术系统解析中国人群肺癌罕见胚系致病变异”(Analyses of rare predisposing variants of lung cancer in 6004 whole genomes in Chinese)的研究论文。 




肺癌是中国人群发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。近十年来,基于高通量芯片和基因型填补策略的大样本全基因组关联研究(Genome-wide association studyGWAS)已高效鉴定了八十余个非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancerNSCLC)发病相关遗传变异,部分揭示了肺癌的发病机制,但仍存在一定的局限性:一方面,芯片检测全基因组基因型基于填补技术,准确性依赖人群匹配且更全面准确的单倍型参考数据库,而现有参考库主要以欧美人群为主,大规模、高质量的中国人群参考库亟需进一步丰富;另一方面,芯片填补策略仅适用于研究常见和低频变异,对罕见致病变异的解析能力不足。

沈洪兵、胡志斌课题组首次将大规模全基因组测序(Whole-genome sequencingWGS)技术应用于NSCLC的全基因组关联研究,不仅构建了高质量的中国人群特异的单倍型参考库,新发现多个NSCLC相关的常见和低频易感变异;同时系统解析了NSCLC编码区和调控区的罕见致病变异,首次发现BRCA2启动子区罕见致病变异可增加8.84倍的肺癌发病风险,该效应在男性和女性间没有差异,并在前瞻性队列中评价了BRCA2启动子区变异对肺癌发病风险的预测效能。




该研究成功将全基因组测序应用于肺癌基因组学研究,系统发现了肺癌的常见/低频易感变异和罕见致病变异,为全面揭示肺癌的遗传模式提供了新思路,也为肺癌的遗传检测提供了大量候选变异。这些发现有助于完善肺癌高危人群的识别策略,为肺癌的精准预防提供新的理论依据。此外,肺癌罕见强效致病变异的发现为将来在胚胎早期基因检测和干预提供了候选位点,提高了重大疾病源头防控能力。研究构建的查询平台也为中国乃至东亚地区的医学和遗传学研究提供了关键基础数据。


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