性染色体之间的序列同源性导致在大规模平行测序中DYS572位点表现出明显的杂合性

《International Journal of Legal Medicine》：Sequence homology between sex chromosomes leads to apparent heterozygosity at the DYS572 locus in massively parallel sequencing

法医遗传学中Y-STRs的MPS技术应用揭示了DYS572位点异质性，其与X染色体同源区存在98.41%序列相似性但含7个SNV差异，可能导致性别误判。

摘要

在法医遗传学中，Y染色体短串联重复序列（Y-STRs）被广泛用于男性谱系追踪、亲缘关系分析和混合样本鉴定。传统的Y-STR基因分型方法依赖于毛细管电泳（CE）基于长度的检测技术。然而，大规模并行测序（MPS）能够同时确定序列长度和基因型，从而提高每次检测获得的信息量。在开发和验证MPS基因型检测面板的过程中，我们观察到了一个意外的现象：DYS572基因座在男性和女性样本中都表现出杂合基因型。这可能导致将单一来源的样本误判为混合样本。参考序列比对显示，Y染色体上的DYS572区域（GRCh38, chrY: 3,811,419–3,811,858）与X染色体上的同源区域（GRCh38, chrX: 90,242,118–90242557）具有98.41%的序列一致性（432/439 bp）。X染色体上的相应区域包含七个单核苷酸变异（SNVs），这些变异使其与Y染色体序列有所不同：四个变异位于重复序列上游，分别位于位置?183（rs1031074259）、?62（rs34553462）、?56（rs3959844）和?47（rs36022122）；另外三个变异位于重复序列下游，分别位于位置+6（rs35114058）、+96（rs2752369）和+194（rs2752370）。在实际应用中，如果引物设计或生物信息学过滤不够理想，DYS572的扩增产物可能来自X染色体。本研究详细阐述了性染色体上DYS572基因座的特征，以及男性和女性中的基因分型模式。这些信息对未来的法医应用具有重要意义。