RBP2GO 2.0：整合疾病关联与序列特征探索RNA结合蛋白功能的新资源

《Nucleic Acids Research》：RBP2GO 2.0: Integrating disease associations and sequence features to explore RNA-binding protein functions

本刊推荐：为系统解析RNA结合蛋白（RBP）在疾病中的作用机制，研究团队升级了RBP2GO数据库至2.0版本。新版本整合了疾病本体（DO）术语、RNA结合肽段数据及297个ENCODE eCLIP/iCLIP数据集，引入RBP2GO评分系统可视化功能，支持跨物种高级检索。该资源为挖掘非经典RBP功能及其在癌症、神经退行性疾病等病理过程中的作用提供了重要平台。

　　

在生命科学的精密调控网络中，RNA结合蛋白（RBP）如同交响乐团的指挥家，掌控着RNA剪接、转运、翻译降解等关键生物学过程。近年来研究发现，这些蛋白不仅参与基础细胞活动，更通过核糖调控（riboregulation）等非经典机制，在免疫应答、自噬等过程中发挥意想不到的作用。然而，现有RBP研究资源存在显著局限：数据分散于独立研究，疾病关联分析功能缺失，且缺乏直观的序列特征可视化工具。这种碎片化现状严重阻碍了科学家系统揭示RBP在癌症、糖尿病、心血管疾病和神经退行性疾病中的分子机制。

为解决这一难题，德国癌症研究中心的科研团队在《Nucleic Acids Research》发表了升级版数据库RBP2GO 2.0。研究团队通过整合72项蛋白质组学研究、135个数据集，构建了涵盖13个物种176,896个蛋白质的超大规模资源库，其中29,215个经实验验证的RBPs。新版本创新性地引入疾病本体（DO）术语系统，关联9,319种人类疾病信息，并首次集成18,815个RNA结合肽段（XL-peptides）数据与297个ENCODE eCLIP/iCLIP转录组互作数据集。

关键技术方法包括：基于频率统计的RBP2GO评分算法、RNA结合域（RBD）智能识别系统、多物种蛋白质序列特征可视化引擎，以及从R-DeeP数据库整合的RNA依赖性验证数据。所有数据均经过人工校验，并建立与UniProt、STRING等10余个权威数据库的交叉链接。

数据库架构升级

新界面设计四大快速检索入口，支持通过蛋白质名称、基因本体（GO）术语、疾病本体术语和InterPro特征直接发起跨物种搜索。

高级搜索模块支持多条件组合筛选，特别新增疾病本体树状导航功能，用户可通过折叠菜单精准定位特定疾病相关RBPs。例如筛选"癌症相关且RBP2GO复合评分≥10"的蛋白质，可快速获得2,247个候选分子。

疾病关联可视化

疾病本体整合显著提升了临床转化研究效率。

每个疾病-蛋白质关联均配备0-5分置信度评分，≥3分视为可靠关联。研究人员可结合RNA依赖性数据（R-DeeP）进一步筛选功能确证的疾病相关RBPs。

评分系统优化

RBP2GO评分（基于实验检测频率）与复合评分（整合RBD结构信息）首次以小提琴分布图形式展示，用户可直观判断目标蛋白在物种全蛋白质组中的RNA结合倾向性。该系统特别适用于发现10,420个RBP候选分子（含RBD结构但未经验证的蛋白质），为功能探索提供优先靶点。

序列特征解析

新版本突破性集成RNA结合肽段空间定位信息。

以人类核内异质核糖核蛋白U（HNRNPU）为例，界面以卡通图谱展示内在无序区域（IDR）、RNA结合域和交联肽段（XL-peptides）的精确序列位置，点击特征框可获取氨基酸序列及交联位点详细信息。

该研究通过多维度数据融合与可视化创新，建立了目前最全面的RBP功能探索平台。数据库不仅涵盖经典RNA识别基序（RRM）、KH结构域等典型结合域，还收录了通过内在无序区域介导RNA互作的非经典机制数据。未来计划将进一步扩展蛋白质结构数据库（RCSB PDB）链接功能，增强三维结构层面的机制解析能力。

RBP2GO 2.0的发布标志着RNA-蛋白质互作研究进入系统化、疾病导向的新阶段。其开放获取模式（https://RBP2GOv2.dkfz.de）为全球学者挖掘核糖调控机制、开发疾病诊疗新策略提供了不可或缺的基础设施。正如研究者所言，这一平台将有力推动"非经典RBP功能"的发现浪潮，为生命健康领域带来突破性进展。