TTC39B在泛癌中的表达特征、临床预后意义及肿瘤免疫微环境调控功能研究

《BMC Medical Genomics》：Pan-cancer and experimental analyses reveal TTC39B as a suppressor of cell proliferation in clear cell renal cell carcinoma

　　

摘要

背景

四氢嘧啶重复结构域蛋白39B（TTC39B）是一个与脂质代谢相关的基因，近期被认为参与胆固醇调节。然而，其在人类癌症中的临床和生物学相关性尚未明确。

方法

基于癌症基因组图谱（TCGA）泛癌数据集的多组学数据（涵盖33种癌症类型）及其他补充资源，采用生物信息学方法评估了TTC39B表达与临床特征、患者生存、免疫浸润、肿瘤微环境特征及免疫检查点基因表达之间的关系。通过细胞功能实验验证了TTC39B在肾透明细胞癌中的增殖调控作用。

结果

TTC39B在多种癌症中表现出肿瘤类型特异性的失调，在转录组学和蛋白质组学水平上均观察到异质性表达模式。临床上，TTC39B表达与多种癌症中的性别、肿瘤分期、分级及转移状态显著相关。生存分析表明，TTC39B在不同癌症类型中具有不同的预后风险关联，例如在胶质瘤、脑低级别胶质瘤和急性髓系白血病中与不良预后相关，而在肾透明细胞癌、结直肠癌和转移性黑色素瘤中显示出保护效应。重要的是，免疫浸润分析一致显示TTC39B表达与肿瘤微环境的多个成分相关，包括在多种恶性肿瘤中的基质激活、免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达。此外，基因组分析表明TTC39B与拷贝数变异、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性及肿瘤干性指数存在关联，提示TTC39B在基因组稳定性和肿瘤进化调控中发挥作用。肾透明细胞癌的功能验证确认TTC39B在体外抑制肿瘤细胞增殖。

结论

这一全面的泛癌分析表明，TTC39B在不同癌症背景下具有双重预后和免疫学关联。鉴于其与脂质代谢和免疫调控的关联，TTC39B是未来在不同癌症类型中进行机制研究和治疗探索的一个有前景的候选基因。

背景

四氢嘧啶重复结构域蛋白39B（TTC39B）是一个与脂质代谢相关的基因，近期被认为参与胆固醇调节。然而，其在人类癌症中的临床和生物学相关性尚未明确。

方法

基于癌症基因组图谱（TCGA）泛癌数据集的多组学数据（涵盖33种癌症类型）及其他补充资源，采用生物信息学方法评估了TTC39B表达与临床特征、患者生存、免疫浸润、肿瘤微环境特征及免疫检查点基因表达之间的关系。通过细胞功能实验验证了TTC39B在肾透明细胞癌中的增殖调控作用。

结果

TTC39B在多种癌症中表现出肿瘤类型特异性的失调，在转录组学和蛋白质组学水平上均观察到异质性表达模式。临床上，TTC39B表达与多种癌症中的性别、肿瘤分期、分级及转移状态显著相关。生存分析表明，TTC39B在胶质瘤、脑低级别胶质瘤和急性髓系白血病中与不良预后相关，而在肾透明细胞癌、结直肠癌和转移性黑色素瘤中显示出保护效应。重要的是，免疫浸润分析一致显示TTC39B表达与肿瘤微环境的多个成分相关，包括在多种恶性肿瘤中的基质激活、免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达。此外，基因组分析表明TTC39B与拷贝数变异、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性及肿瘤干性指数存在关联，提示TTC39B在基因组稳定性和肿瘤进化调控中发挥作用。肾透明细胞癌的功能验证确认TTC39B在体外抑制肿瘤细胞增殖。

结论

这一全面的泛癌分析表明，TTC39B在不同癌症背景下具有双重预后和免疫学关联。鉴于其与脂质代谢和免疫调控的关联，TTC39B是未来在不同癌症类型中进行机制研究和治疗探索的一个有前景的候选基因。