牛呼吸道疾病复合体（BRDC）是一种多因素综合征，对牛的健康构成重大威胁，并给养牛业带来巨大的经济损失。牛副流感病毒3型（BPIV3）是与BRDC相关的重要病原体，已被证实会导致养牛业遭受显著的经济损失（Ellis, 2010; Miles, 2009）。BPIV3具有广泛的宿主范围，已在包括牛、人类、猪、骆驼、海豚和羊在内的多种哺乳动物中检测到（Baghezza et al., 2021; Ren et al., 2022）。值得注意的是，在疫苗接种研究中，减毒的BPIV3菌株已被证明可以感染人类婴儿，导致可检测到的病毒复制和强烈的抗体反应，但不会引起严重疾病（Greenberg et al., 2005）。尽管人类自然感染的病例似乎很少，但BPIV3跨越物种屏障的能力引发了潜在的公共卫生问题，强调了持续监测病毒进化及其宿主适应性的必要性，以便更好地了解其人畜共患病潜力。
BPIV3是一种有包膜、不分段的负链RNA病毒，属于副粘病毒科（Paramyxoviridae）和呼吸病毒属（Respirovirus）。其基因组长度约为15,434–15,504个核苷酸，编码六种结构蛋白，即核衣壳蛋白（N）、磷蛋白（P）、大聚合酶（L）、基质蛋白（M）、融合蛋白（F）和血凝素-神经氨酸酶（HN），以及三种非结构蛋白（C、D和V）（Ren et al., 2023）。根据全基因组序列分析，BPIV3目前被分为A、B和C三个基因型（Horwood et al., 2008, Zhu et al., 2011）。A基因型于1959年首次在美国的牛群中被发现，随后在中国、阿根廷、日本和埃及的牛群中也得到了检测（Horwood et al., 2008, Xu et al., 2024）。B基因型于2008年首次在澳大利亚被报道，此后在阿根廷、美国和中国也有发现（Horwood et al., 2008, Neill et al., 2015, Ren et al., 2022, Wang et al., 2022）。C基因型于2011年首次在中国被报道，随后在韩国、美国、日本、土耳其和阿根廷的牛群中也检测到（Maidana et al., 2012, Ren et al., 2022, Zhu et al., 2011）。迄今为止，中国各牛群中都发现了这三种基因型，其中C基因型成为主要谱系，并表现出广泛的地理分布（Ren et al., 2023）。
水牛（Bubalus bubalis）主要分布在亚洲、非洲、拉丁美洲和大洋洲的热带和亚热带地区，其中亚洲的水牛数量最多（Cockrill, 1981）。尽管水牛在农业生产中具有重要意义，但关于BPIV3感染的水牛的流行病学数据仍然有限，只有少数研究对此进行了探讨。最早的研究来自2012年的阿根廷，发现患有呼吸道和生殖障碍的水牛中BPIV3阳性率为约17%，并获得了三种B基因型菌株的部分M基因序列（Maidana et al., 2012）。2017年的一项埃及研究报道，患有呼吸道症状的幼年水牛中BPIV3阳性率为60%，成年水牛中为12.5%，但未提供序列数据（Sobhy et al., 2017）。2020年的一项印度研究报道，患有肺炎的牛和水牛中BPIV3总体阳性率为3.69%，但未单独分析水牛的感染情况（Kamdi et al., 2020）。2021年的一项土耳其研究使用基于BPIV3 A和C基因型的中和试验，报道水牛中的血清阳性率为26%（Muftuoglu et al., 2021）。总体而言，这些研究表明水牛群体中存在BPIV3。然而，从水牛中分离BPIV3并进行全面的基因组分析的工作仍然较少，这突显了进一步研究其传播机制、生物学特性和遗传多样性的必要性。
中国拥有约2700万头水牛，它们在国家畜牧业中发挥着重要作用。然而，关于中国水牛群体中BPIV3的存在和流行病学特征知之甚少。为了填补这一知识空白，本研究旨在从水牛中分离BPIV3并分析其基因组特征，为未来研究这种病毒的生物学和遗传多样性奠定基础。
