酮达鲁洛他胺可能会与SARS-CoV-2刺突糖蛋白的受体结合域发生相互作用：卤代苯腈的重要性

《Scientific Reports》：Ketodarolutamide may interact with the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein: the importance of halogenated benzonitrile

　　

摘要

像SARS-CoV-2这样的新出现的病原体总是导致极高的发病率和死亡率。尽管新冠病毒与人类已有超过半年的共存历史，但其治疗仍然面临挑战，尤其是对于那些患有其他疾病的人群而言。S糖蛋白的RBD是一个极具潜力的靶点，因为它在SARS-CoV-2的亲和力形成中起着关键作用。我们利用AutoDock Vina结合bash脚本，对先前研究中确定的RBD口袋的结合亲和力进行了虚拟筛选。根据非共价相互作用模式，选出了九种具有潜力的化合物，并通过短时分子动力学模拟对其进行了研究。比卡鲁胺和酮达鲁胺能够形成足够稳定的复合物，因此我们进一步使用了更长时间的分子动力学模拟对其进行了研究。在所有候选物中，只有酮达鲁胺的各项参数符合潜在RBD抑制剂的标准。这两种化合物都含有卤代苯腈这一成分，在酮达鲁胺的情况下，该成分有助于稳定复合物。进一步的ELISA实验也部分证实了酮达鲁胺能够抑制RBD与hACE2之间的相互作用，这一结果与已有报道一致，即接受抗雄激素治疗的新冠患者病情较轻。我们认为，酮达鲁胺可以作为一种有潜力的骨架，用于开发含有苯腈结构的RBD抑制剂。