基于免疫疗法的联合治疗可重塑免疫抑制微环境，提升晚期SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌的治疗效果

《Cancer Letters》：Immunotherapy-based combination remodels the immunosuppressive microenvironment and enhances efficacy in advanced SMARCA4-deficient non-small cell lung cancer

　　吴六玄|李森源|郑雅琴|张琳玲|潘俊凡|赵云楠|林宇军|林金灿|潘启红|林金辉|陈圣佳|黄漳洲|林东|何穆群|陈雨洁|何昊|王培远|陈思慧|连荣|李超|徐一泉

摘要：SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌的预后较差，目前尚无标准治疗方案。本项多中心回顾性研究通过下一代测序、流式细胞术、多重免疫荧光检测、单细胞RNA及TCR测序，以及CRISPR/Cas9介导的SMARCA4基因敲除模型，评估了以免疫疗法为基础的治疗方案，并分析了晚期SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌的免疫特征。研究共纳入来自中国四家癌症中心的162例晚期该病患者。基因组分析显示TP53、KEAP1、STK11和KRAS是主要的共突变基因。与单独化疗相比，免疫疗法联合化疗及抗血管生成治疗能显著延长无进展生存期（中位值分别为12.10个月和2.77个月，p<0.001）。此外，对这种联合疗法有反应的患者体内CD8+ T细胞浸润程度也更高（p<0.01）。在体内实验中，三药联合方案可显著抑制SMARCA4基因敲除小鼠肿瘤细胞的生长，增加CD8+ T细胞的浸润，同时减少肿瘤微环境中的调节性T细胞数量。在该小鼠模型中，抗PD-1治疗后会显著降低CTLA4+调节性T细胞的数量，且这些细胞间的通讯活性增强。离体实验表明，抗PD-1治疗可显著减少调节性T细胞的比例，同时增加产生IFN-γ和TNF-α的细胞比例。最后，单细胞TCR测序结果显示，特定TCR克隆有所扩增，尤其是在CCR7+和LEF1+的初始T细胞中。总体而言，这些研究结果表明，基于免疫疗法的联合方案可通过增强CD8+ T细胞活性、抑制CTLA4+调节性T细胞以及扩增肿瘤反应性TCR克隆，为SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者带来显著临床益处。

引言：肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，其中非小细胞肺癌占所有肺癌病例的85%[1,2]。大约5%-10%的非小细胞肺癌患者存在SMARCA4突变，这类突变通常与不良预后相关[[3], [4], [5]]。研究表明，SMARCA4突变或表达不足会加速肿瘤进展[4,6,7]。SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌具有高度侵袭性，目前缺乏有效的治疗手段，多数患者预后极差，总生存期中位数仅为7个月[8,9]。目前尚未形成针对此类疾病的标准化治疗方案，其基因组特征及免疫微环境也尚未得到充分研究。

SMARCA4基因位于19号染色体的短臂13.2区域（19p13.2），编码转录激活因子BRG1，这是SWI/SNF染色质重塑复合物中关键的ATP依赖性催化亚基[10,11]。最近，世界卫生组织分类第五版将胸腔内SMARCA4缺陷型未分化肿瘤视为与常规SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌不同的独立疾病类型，因为二者在临床病理特征上存在差异[12]。14%的胸腔SMARCA4缺陷型肿瘤介于这两种疾病之间，其总生存期最短[13]。在非小细胞肺癌中，SMARCA4缺失常与其他基因突变共存，尤其是kirsten鼠肉瘤病毒癌基因同源物、kelch样ECH相关蛋白1以及丝氨酸/苏氨酸激酶11等驱动基因的突变[14]。这些突变不仅会影响肿瘤生物学特性，还可能影响治疗反应。例如，有研究显示，SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者中KRAS突变的出现频率高于表皮生长因子受体、间变性淋巴瘤激酶等其他常见驱动基因的突变[15]。此外，SMARCA4缺失与STK11突变共存时预后更差，这进一步凸显了SMARCA4在肿瘤进展中的关键作用[16]。机制研究指出，SMARCA4缺失可通过合成致死效应抑制周期蛋白依赖性激酶4/6的活性，因此CDK4/6抑制剂可能成为治疗此类疾病的潜在策略[17]。不过，SMARCA4缺失的基因组特征及其机制仍不完全清楚，需要进一步研究以找到更有效的治疗方案。

目前，SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌尚无标准治疗方案[18]。这类肿瘤通常缺乏显著的致癌驱动基因突变，也无法直接被SMARCA4抑制剂靶向，因此靶向治疗选择有限[14]。尽管越来越多的证据表明这类肿瘤可能对铂类化疗有一定敏感性[19]，但其对常规化疗的反应仍然不佳，这也导致了相对不良的预后[20]。免疫疗法在这些肿瘤的治疗中显示出一定优势。研究表明，与非免疫疗法相比，免疫疗法能显著提高SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者的无进展生存期和总生存期[21]。虽然免疫疗法在部分患者中取得了疗效[22,23]，但其在该患者群体中的具体作用机制仍需进一步研究。

多项研究探讨了SMARCA4缺失对免疫微环境的影响。有一项研究报道了一例SMARCA4缺陷型未分化子宫肉瘤病例，对免疫微环境的分析显示，虽然未检测到PD-L1表达，但有CD3+和CD8+免疫细胞浸润在肿瘤组织中。此外，部分免疫细胞和肿瘤细胞同时表达CD8、CD68、PD-1和PD-L1[24]。PD-1/PD-L1通路是一个重要的免疫检查点，当肿瘤细胞表面的PD-L1与T细胞表面的PD-1受体结合时，会传递抑制信号，从而抑制T细胞活性，帮助癌细胞逃避免疫系统的识别[25]。另一项研究则发现，在小鼠卵巢癌模型中，SMARCA4缺失会导致癌细胞自身的免疫原性升高，表现为长末端重复RNA序列的表达上升、干扰素刺激基因的表达增加以及抗原呈递机制的激活。这种免疫激活依赖于STING、MAVS和IRF3信号通路，但不依赖于I型干扰素受体。此外，SMARCA4缺陷型肿瘤的肿瘤微环境中，细胞毒性T细胞、NK细胞和髓系细胞的浸润及活化程度显著增加[26]。在SMARCA4突变型肺癌中，多种模型表明，SMARCA4缺失会降低增强子区域的染色质可及性，进而抑制STING1、IL-1β和IFN-β等免疫基因的表达，从而导致树突状细胞和CD4+ T细胞难以浸润肿瘤微环境[27]。有观点认为，SMARCA4缺失所导致的免疫原性在不同癌症类型中存在差异，但目前SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者的免疫微环境仍不明确。

因此，本研究旨在阐明SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌的基因组特征、治疗反应及肿瘤免疫微环境，为制定该疾病的标准治疗方案提供理论依据。

患者情况：本项多中心回顾性研究使用了2019年1月至2024年10月期间接受治疗并接受随访的患者的病历资料。数据来源于中国的四家癌症中心：福建省肿瘤医院、福建省立医院、福建省福州市肺科医院以及厦门大学附属第一医院。所有患者年龄均在18岁及以上，东部合作肿瘤组体能状态评分在0到2分之间。我们通过回顾性方式收集了这些数据……

不同癌症类型中的SMARCA4突变分布以及非小细胞肺癌中的基因改变：为探究SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者的基因组特征及临床治疗结果，本研究开展了一项多中心回顾性真实世界研究。首先，对来自四家参与机构的庞大多癌症队列进行了分析，这些机构都对这些患者的肿瘤组织进行了SMARCA4蛋白表达检测。图1A展示了该队列中不同原发癌症类型的占比情况，肺癌所占比例最高……

讨论：SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌是非小细胞肺癌中一种高度侵袭性的亚型，预后极为不良[14,31,32]。目前，针对这一亚型尚无标准化治疗方案，其基因组特征及免疫微环境也尚未得到充分了解。我们的研究揭示了SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌患者复杂的基因组特征。基于免疫疗法的三联治疗方案可能带来显著临床益处，这或许得益于该方案对肿瘤相关免疫环境的重塑……

结论：本研究阐明了SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌复杂的基因组特征。基于免疫疗法的三联治疗方案通过增强CD8+ T细胞活性、抑制CTLA4+调节性T细胞以及扩增肿瘤反应性TCR克隆，能够重塑肿瘤免疫微环境，从而为患者带来显著临床益处。这些发现为SMARCA4缺陷型非小细胞肺癌的精准免疫疗法研究提供了新思路。

数据可用性声明：本研究生成和/或分析的单细胞RNA测序数据已存储在NCBI基因表达组数据库中，编号为GSE335006，可在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE335006查询获取。相应的单细胞TCR测序数据也存储在GEO中，编号为GSE335008，查询地址同上。本研究使用和/或分析的所有数据集也可从相应平台获取……

伦理声明：本研究中使用非小细胞肺癌患者组织已获得福建省肿瘤医院伦理委员会的批准（批准编号：K2025-252-01）。所有动物实验均遵循福建省立医院动物伦理委员会的指导原则进行（许可证编号：IACUC-FPH-SL-20250226 [0818]）。

资金支持：本研究得到了福建省自然科学基金（编号：2025J01217）、福建省肿瘤医院高层次人才发展计划（编号：2023YNG14）、福建省肿瘤医院“优秀青年”项目（资助对象：YQX）以及福建省科技创新联合基金的支持（编号：2024Y95020356）。

作者贡献说明：吴六玄：概念设计、研究实施、方法学设计、数据可视化、初稿撰写；李森源：研究实施、方法学设计、数据可视化、初稿撰写；郑雅琴：研究实施、方法学设计、数据可视化、初稿撰写；张琳玲：概念设计、方法学设计、数据可视化、论文审阅与修改；潘俊凡：概念设计、方法学设计、数据可视化、论文审阅与修改；赵云楠：概念设计、方法学设计、论文撰写、论文审阅。

利益冲突声明：作者声明不存在任何可能影响本研究结果的已知财务利益或个人关系。