通过多组学技术和异构图谱学习来解析胰腺导管腺癌中由髓系细胞驱动的生态系统

《npj Precision Oncology》：Dissecting the myeloid cell-driven ecosystems through multi-omics and heterogeneous graph learning in pancreatic ductal adenocarcinoma

　　

摘要

髓系细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）的微环境中表现出显著的富集和高度异质性，这对临床结果有着重要影响。本文分析了来自患者匹配的肿瘤和血液样本中的45,705个高质量髓系细胞，同时以正常血液和组织作为对照。研究发现了两种促进肿瘤生长的亚群：GBP5?中性粒细胞持续激活促炎途径，这一过程可能由STAT3调控；THBS1?单核细胞则可能通过Amphiregulin驱动的分化抑制机制来调节免疫抑制。我们开发了moGT这一异构图谱转换工具，它能整合多组学数据和髓系细胞的丰度信息。moGT将PDAC患者分为四种由特定髓系生态系统（ECs）所主导的分子亚型，这些亚型的分布特征得到了空间转录组学数据的验证。值得注意的是，尽管具有“经典”表型（即富含GBP5?中性粒细胞的骨髓微环境以及NAMPT酶的抑制敏感性），亚型2的预后仍然较差。相反，具有侵袭性的亚型4主要由THBS1?单核细胞主导的骨髓微环境组成，其对微管靶向药物的敏感性具有预测价值。我们的跨组分析将髓系细胞的微环境特征与临床异质性联系起来，为精准医疗提供了有力支持。