基于激光捕获显微切割并利用 LCM-FFPEseq 实现存档 FFPE 组织切片高灵敏度单细胞分辨率转录组学分析的方法

《Scientific Reports》：A laser capture microdissection-based method for high-sensitivity transcriptomics from archived FFPE tissue slides with single-cell resolution using LCM-FFPEseq

摘要

在空间背景下理解基因表达对于揭示生物过程至关重要。激光捕获显微切割（LCM）能够在保留空间背景的同时，从组织切片中靶向分离细胞或区域。基于 LCM 的 RNA 测序主要应用于新鲜冷冻组织，而对于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）材料，大多数工作流程依赖需要高输入量的商业试剂盒，限制了其在稀有细胞中的应用。在此，我们介绍了 LCM-FFPEseq，它结合了 LCM 和改良的 Smart-seq3xpress 方案，用于 FFPE 切片的空间转录组学。LCM-FFPEseq 能够从最少 30 个细胞中检测到每个样本超过 14,000 个蛋白编码基因，且在更高输入量下没有显著增益。单细胞分析是可行的，尽管变异性更大，分别为 K562 和支持细胞平均产生 7,353 和 6,490 个蛋白编码基因。为了展示临床效用，我们将 LCM-FFPEseq 应用于接受性别肯定激素治疗的跨性别女性的存档睾丸 FFPE 组织。对分离的曲细精管进行转录组分析显示，小管玻璃样变与细胞外基质重塑和炎症通路的上调相关，同时伴有精子发生相关通路的下调，这表明睾丸纤维化和/或小管玻璃样变可能导致生殖细胞丢失。通过在存档的 FFPE 样本中实现高灵敏度转录组学，LCM-FFPEseq 为研究稀有细胞、空间异质性和组织重塑开启了新的可能性。